HAPMIXMAP 1.0下载地址

HAPMIXMAP是一个程序进行建模的扩展单倍型的遗传关联研究

轻松地测试所有的候选基因，其中已输入标签SNPs在病例组和对照组lociin

HAPMIXMAP是一个程序的建模扩展单倍型的神器出山:www.shenqi73.com遗传关联研究。它的主要目的是模型的人类基因组单体型图的单倍型标签SNP基因型数据。

，HAPMIXMAP是一个程序建模的扩展单倍型的遗传关联研究，类似的FASTPHASE程序开发由Scheet和Stephens（2006）。课程模式，矢志不渝的基因型无关的个人数据，和适合的模型，其中连锁不平衡是由K个独立的泊松到达过程对应到K模态单倍型国家。

这对应于观察，通常2-4常见的单体型占大多数的等位基因多样性在任何单倍型块，和罕见的单倍型是通常轻微的变体，这些模态的单倍型。仿照通过允许到达率变化在整个基因组的基因组中，对应祖先重组热点，单倍型的嵌段状结构。

该模型是在ADMIXMAP模型外加剂种群之间，大部分中的代码HAPMIXMAP从ADMIXMAP派生所用的类似。

该程序生成后在每个染色体单倍型分布，所观察到的UNPHASED基因型数据。在这个后验分布的平均分数测试与结果变量的构造。

对于一个二进制结果变量（如在一个病例对照研究）的程序符合logistic回归模型。的数量性状，程序符合一元线性回归模型，生存时间数据的程序符合Cox回归模型。

该计划的目的是要用于人类基因组单体型图型数据：数据集是三个大陆组，每个小组的60名无血缘关系的个体。这些基因型数据，可以结合个人的学习（一般情况下，控制集合）的一个子集的人类基因组单体型图位点的基因型数据。

通常这部分的人类基因组单体型图位点，将标签SNPs，如上的Affymetrix和Illumina公司的阵列）。该程序，然后模拟单倍型的人口结构，无论从人类基因组单体型图板和个人在研究中使用数据，以及正在研究中的个人所有非类型化的人类基因组单体型图位点的基因型产生的后验分布。

使用HAPMIXMAP，任何使用面板的标签SNPs的遗传相关性研究，可以分析，如果已输入的所有基因在人类基因组单体型图。测试协会的得分让正确的推理在非类型化的位点的基因型的不确定性。

它也产生，作为副产物，测试每个基因座的设计中，在一项研究中，轨迹是直接输入的）比较，与研究的效率衡量。这是比观察到完成信息的得分测试中。这可以用来评估是否有足够的标签SNP面板，并决定是否额外的非类型化的位点的基因分型是有可能产生的任何额外信息。

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