AlleleID是一个全面的引物和探针设计软件的实时PCR /微阵列。该软件支持多个实时的TaqMan MGB TaqMan探针,分子信标,荧光共振能量转移(FRET),MLPA,Pamgene阵列和SYBR Green的神器出山:www.shenqi73.comPCR化学品,如。 AlleleID有多种算法,按照这些化学实验设计指引。
AlleleID允许用户输入他们的核苷酸序列,通过手动输入或从NCBI的Entrez下载。该软件还BLAST搜索序列,,解释这些搜索结果,避免了显着的交叉同源性。
AlleleID也没有一个的模板结构搜索,避免了在他们自己的地区,可以折叠。
用户可以设计出最佳的TaqMan探针,TaqMan MGB探针,分子信标,SYBR绿色的引物,MLPA探针和Pamgene探针免费的的二聚体,运行,重复和其他二级结构。
软件屏幕的寡核苷酸(包括引物和探针),熔融温度的要求,用户可以指定目标和公差值。寡核苷酸从来没有这些限制之外。因此,严格性和灵活性,完全是在用户手中。
该软件的显着特点是其设计能力,分析用于检测一组密切相关的序列的相似点和不同点。该软件支持多序列比对,使用CLUSTALW。
用户可以在程序中执行对齐,可以载入现有的校准文件。类群检测或跨物种放大或找到了一个物种的混合,无论是保守的区域,用户可以设计实验(引物和探针)。
该项目设计多重PCR引物和探针台(分析),用户可以选择一个他认为可能是最合适的。
该方案还可以从已公布业绩或成功的实验进行previoulsy评估寡核苷酸。该程序也可以找到合适的合作伙伴寡核苷酸引物和探针。
有一个选项,使用它用户可以导出的结果,他们的设计在csv文件。引物探针的设计结果也可以导出的格式的报告。
下面是一些主要特点“AlleleID”:
·实时PCR引物设计
·SYBR绿色引物设计
·TaqMan探针设计
分子信标设计
·FRET探针的设计
·芯片探针设计
·数据库支持
·输入和输出格式
要求:
·CPU:1.80 GHz的Pentium-IV的
·RAM:256 MB的可用内存
·硬盘空间:500 MB的可用硬盘空间
·屏幕分辨率:800 X 600
限制:
·有限公司提供的样本数据。