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模拟（分子）序列的系统发育分析中使用的数据

<跨度的风格=“字体大小：大，“费罗是一个命令行Java程序，它被设计为用来模拟（分子）序列的神器出山:www.shenqi73.com系统发育分析中使用的数据很一般的条件下，包括：
- 插入和删除，插入和删除树通过传播，使输出的文件可以是“真正的”对齐。这是非常方便的检查校准方法，并编写这个程序的主要动机之一。
- 不同的系统发育史（树），以及序列;
- 每棵树的任意速率矩阵;
- 的节点，树枝，树和全局参数的定义和再利用;
- 用于随后的分析在各种不同的格式输出，例如在系统发育推论程序;
- 代标准模型下的树木，如圣诞节和所有的树木同样可能。

费罗可使用或者完全的命令行参数运行或使用输入文件（S）。使用命令行是一个比较严格的，因为它只是变得太尴尬，写一个巨大的参数设置时，你可以把它们放到一个输入文件更容易阅读的方式。输入文件使用一种简单的语法是一致的NEXUS格式，并采用了“费罗”块。

费罗可用于运行多个模拟分批。输入文件可以被认为是作为脚本的命令，按顺序运行。我们的想法是，你可以定义模型树的任何部分，包括分支长度当然，每个分支上的不同的矩阵，不同的插入缺失率，并通过自己的一组参数相结合的树木上使用非常普遍。分为一般，树和分支参数的参数。

常规参数
- 是指那些适用于所有的树木（整体速率，基频，根到尖的距离等），管理模拟设置，如试验次数（例如，试验次数，输出格式）; ;

树参数
- 是的参数假设给定的树，确定您选择的标签。一般是很有意义的一组树参数使用相同的标签，当你选择了树本身。这些参数是这样的事情作为的初始序列长度（可以改变通过树，如果有插入或缺失允许），出生/死亡率的谱系树中，如果树本身是将要生长的通过时间，插入/缺失参数率和平均长度，提示以增长的数量，是否应该使用的分子时钟，初始的基频，等的各个参数的详细购买。

分公司参数
- 选择以上这些参数，适用于整个树，并应用到您选择一个标签，标识的一个分支。这些插入缺失参数，分支长度，和所使用的转移矩阵。