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计算，从分子序列的系统发育树

TREEFINDER应用计算从分子序列的系统发育树。该计划下的各种模型的演化序列，通过最大似然推断甚至大树下。它可同时接收的核苷酸和氨基酸的数据，并采取率考虑到的异质性。

可以假设不同的神器出山:www.shenqi73.com模型，用户定义的数据分区，不同的价格，不同的边长，独立的字符组成。所有参数可以从数据估计。由用户提供的拓扑约束和启动树，树可以引导搜索。

有一个模型投保人提出适当的模型的演化序列。可以推断树木的信心评估参数和非参数化的引导，各种配对网站测试（ELW，BP，KH，SH，WSH，AU），还结合信息标准，支持LR-ELW边缘。

有一些工具操作树和序列数据的可视化基地频率，计算的共识和距离的树木，计数拓扑结构。置信限和其他统计数据可以得到所有的数值结果。该程序可以通过率平滑估计分歧时间。

的使用的TREEFINDER的非常直观的图形用户界面。数据文件和重建参数的交互可以被选择，结果将被显示在屏幕上。

TREEFINDER是可编程的，在功能和系统的独立编程语言TL时，它提供了一个广泛的功能和使研究者创建特定问题的应用。被写入在TL部分的软件，并可以由用户修改。

TREEFINDER的语言
TL是一种通用编程语言，有许多专门的工具来处理生物数据。担任作为编程接口的TREEFINDER程序。这本手册是给TL的概述。

是什么使得从其他编程语言的TL不同的是，它支持多种编程风格。在任何时候，程序员可以选择的编程风格是最强大的。

要求在特定情况下：

·相关 Java运行时

此版本中的新功能：

·小的bugfix（11月10日）
·广义的分区模型，该模型
·包括比例和单独的模型
·重采样校准时间
·改进的TL手动