BAMBE 2.01 Beta版_BAMBE 2.01 Beta下载地址

贝叶斯分析的分子生物学与进化

名BAMBE代表贝叶斯分析，分子生物学与进化。 BAMBE的开发是一个免费的软件程序包的贝叶斯分析系统发育。该软件包包括对齐的DNA或RNA序列数据分析方案，并允许有间隙或不确定的神器出山:www.shenqi73.com网站的数据集。

大都市黑斯廷斯算法的主要程序采用了多种采样系统发育树和似然模型参数的联合后验分布。其他计划，帮助分析采样的树木和参数值的分布。

注意：
每个人都被授予许可复制和使用本软件附带的文档的个人学术用途

下面是一些主要特点“BAMBE”：

·A选择的可能性模型。
·HKY85（长谷川木住野矢野，1985年）
·F84（Felsenstein的PHYLIP中实现）
·TN93田村妮（1993年）
·A选择的大都市黑斯廷斯采样，提出新的进化树（包括一个新的规模Beta分布的本地版本）。
·大都市黑斯廷斯提出新的模型参数的采样。
·选择单独的采样器，用于燃烧和推理。
·灵活规范的网站类别，每个站点类别的不同的参数值。
·选择初始化搜索随机树，UPGMA树，树的邻接，或用户定义的树。
·两个的格式（BAMBE和Newick）的读取和写入的树木。
·HTML帮助文件。
·图形化的实时监控的树和模型参数。

此版本中的新功能：

C + +：
·我们已经完全的改写BAMBE在C + +简化移植到Windows和Macintosh，并简化将来的代码维护。新的代码使用更好的内存管理是一个有点快比以前发布的版本中C.

·没有内置的分类单元或一些网站的数量限制。

Beta分布的修改到地方：
·我们增加了一个可选的修改本地更新，选择分支点的β分布指的是当前的值，而不是均匀分布的。这种变化使混合行为的马尔可夫链在某些情况下，当地表现不佳，特别是在情况下，有很大的差距，在相邻的分支长度的长度。

·运行时的设置使用β=真正打开这个选项。此选项是调整参数的两个测试参数的总和。默认值是β-TUNE = 10.0。

·此更新的描述和推导的appropr的详细信息...