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展示的核苷酸序列的饱和度

证明核苷酸序列的饱和度通常的方法是绘制的差异对的序列之间的进化距离分离的部分。当观察到的差异的数量，例如，密码子第三位置的分数，不再增加而增加的进化距离，该序列被说是饱和的。

同样的神器出山:www.shenqi73.com技术可以应用到氨基酸（aa）序列。我们已经开发了一个Java应用程序称为ASaturA，对AA替换鉴别有高有低的发生概率。无论是作为定义'频繁'或'罕见'，这取决于它们的突变的概率，这是从替代概率矩阵，如众所周知的PAM和BLOSUM推断所有的氨基酸置换。

这20个20矩阵提供一节AA被替换为另一个序列有分歧进化距离超过一定的经验得出的概率。

ASaturA应用程序将根据这些概率的概率截止的价值区分频繁和罕见的换人，可以选择排序的所有替换。对于每个序列对，该方案图观察到的次数频繁，罕见的AA替代对他们的进化距离。

通过修改的取代概率'切断'值，列为频繁或稀有氨基酸替换的数目可以改变。在理想的情况下，仔细选择'切断'值分割成饱和的和不饱和的1的原始数据集。除此之外，最广泛使用的替换概率矩阵，如PAM，BLOSUM，mtREV24和JTT，用户定义的矩阵也可以使用