生物信息学软件,用于DNA / RNA /氨基酸序列分析
生物信息学软件
DNASIS MAX帮助生命科学家的编辑,注释和分析DNA,RNA和氨基酸序列。
DNASIS MAX
包括一套完整的分析工具和可扩展可选的同源性搜索,多序列比对和基地通话和序列的组件(PHRED / Phrap)的神器出山:www.shenqi73.com模块。
获取DNASIS MAX,给它一个尝试,看看它的所有有关!
下面是DNASIS MAX“的一些主要特点:
序列编辑:
·顺序输入向导
·同时显示和编辑多个序列(最多100个)
·同时显示互补链
·RNA显示模式
·同时显示的原始序列
·转换之间的互补性,相反,反向互补链
·'N'屏蔽功能
·序列搜索功能
·选择并连接不连续的多个范围
·编辑序列名称
·修改显示的字体,大小和颜色
·导入序列在以下格式:序列,FASTA,多序列,多FASTA,PIR,多PIR,EMBL,多EMBL,ABI,SCF,文字,和传统的DNASIS
·进口所需的序列从多个项
文件 ·开放式序列与差距
从剪贴板粘贴(自动消除不必要的字符串)
注释编辑:
·自动识别和输入GenBank,EMBL和PIR格式中的注释。
跟踪数据显示/编辑:
·显示ABI和SCF跟踪文件的
·删除和编辑,一边欣赏痕迹基地
·同时显示多条迹线
·调整显示的宽度和高度
·隐藏/显示特定的痕迹
·跟踪文件显示反向互补链
·对齐相对于参照序列(多个对齐选项)
·SNP搜索(多序列比对)
项目的Windows共用的功能:
·显示/隐藏/删除序列
·序列和分析中显示的顺序进行变更
·分析结果显示/隐藏/删除
·列表分析结果
·参数设置
地图显示:
·显示/隐藏地图
·地图光标
·放大/缩小/全尺寸显示
·将图像复制到“剪贴板”
标尺:
·选择显示号码(测量线路)序列的顶部
·显示的侧面上的序列号
·不要包装/包装的窗口长度/总结,设置宽度
·插入/不插入空格之间每个指定的BP / AA
DNA分析:
·碱基组成
·密码子频率
·GC含量
·氨基酸翻译
ORF搜索:
·选择和编辑密码子表,选择和编辑启动密码子
·添加注释到指定的ORF
·隐藏/显示帧或指定的ORF
·显示列表的ORF
预测显示DNA序列ORF名单和翻译序列
·印刷ORF列表
限制性内切酶站内搜索:
·显示切割顺序显示时同时观看互补链
·同时显示单个或多个限制酶位点(地图显示)
·寻找最佳的酶切出指定范围内
·指定的最小/最大的切割位点
·最新的限制性内切酶数据库(610酶)
·限制性内切酶切割位点的显示列表
·打印的限制性内切酶切割位点的列表
·显示和打印清单的预测片段
·突变位点搜索
·PCR引物设计
·寡核苷酸探针设计
主题搜索:
·数据库特定的模式
·自定义模式
·互补链
·显示和打印主题列表
·共同的基序
·修剪低质量/矢量结束
其它搜索:
·发夹环
·串联重复
·堆叠网站
氨基酸分析:
·氨基酸组成
·亲水/疏水性分析
·预测等电点(pI)
·蛋白质组装酶识别位点搜索
·MOTIF搜寻
·常见的图案搜索
数据库:
·序列数据库
·搜索,删除和更新序列
·导出到一个编辑器
·矢量数据库
·限制性内切酶数据库
·Motif的数据库
·蛋白质组装酶识别位点数据库
·密码子表
要求:
·1.0GHz或更快的处理器速度。
·512 MB或更多的RAM内存。
·500 MB的空硬盘
空间或更多是必需的。
·1,024 x768显示器或视频卡,256色。
·CD-ROM驱动器
限制:
·14天试用版本发行版中的新功能:
·外显子引物工具增加了对选择性剪接分析
·引物设计,多重比对和高炉工具也进行了更新,更高的精确度
·改进了自定义数据库管理
·Windows 7兼容性