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一般软件包分子系统进化树使用贝叶斯马尔可夫链蒙特卡罗方法（MCMC）

BayesPhylogenies允许的范围内的基因序列进化的模型，模型形态特征，为根的树的模型，和γ和β分布率异质性。

此外，该程序实现的模型来检测格局的演变（Pagel和meade，2004年），它允许用户以适应多个模型的神器出山:www.shenqi73.com演化序列，在不分割的数据的情况下的非均质性。该方案还实现了一个混合模型heterotachy，米德PAGEL（2008年）和Pagel和米德（2008）所描述。

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