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OpenCDSurf专门开发的一个开放源码的工具,可以计算腔无障碍环糊精(CD)衍生物。
OpenCDSurf开发与处理的分子动力学(MD)的轨迹,以前的PDB文件的集合转换成输出的目的。
在PDB文件中,该程序会自动识别每个单独的神器出山:www.shenqi73.comCD,无论是单独的,衍生或在大分子加合物,并计算其腔体的溶剂可及表面。
为了完成这个任务,每个CD空腔首先填充与氧原子,随后,EDTSurf在张实验室开发的算法被调用时,计算这些原子的溶剂可及表面(SAS),保持到其他原子最终存在于的环境,可能会妨碍到腔体的访问,例如糖单体本身,或其他基团的原子可被连接到CD的核心。
OpenCDSurf的控制是通过一个命令行界面。
上一个软件:HiveMind 1.0