三维生物物理详细的神经网络建模
neuroConstruct是一个复杂的网络,以简化开发的生物逼真的神经元,即型号,采用树突状形态和现实的细胞膜电导创建可靠的应用程序。
它是用Java实现的神经元和GENESIS模拟器生成的神器出山:www.shenqi73.com脚本文件,支持先进的发展阶段的其他仿真平台(,包括PSICS,驼鹿和PYNN)。它采用最新的NeuroML规格,,包括MorphML,ChannelML和NetworkML的。此软件的发展从威康信托基金会,医学研究理事会和欧盟Synapse项目提供资金。
下面是一些主要特点“neuroConstruct”
·neuroConstruct可以导入GENESIS,神经元,Neurolucida,深港西部通道和MorphML格式包含在单个单元格或网络的机型,或者更抽象的细胞形态中的文件,也可以手动建立。
·电导基于神经元网络的创建放置在3D
·复杂的细胞群之间的连接模式,可以指定网络
·仿真脚本可以生成神经元,GENESIS,MOOSE,PSICS和PYNN模拟器(注意:不是每个项目都可以产生每一个模拟器)
·生物物理现实的细胞机制(突触/通道机制)可进口的原生脚本文件(*。的MOD或*。克),或创建模板使用ChannelML
·自动生成的代码,记录仿真数据和可视化/在neuroConstruct的数据分析
·记录的模拟运行,可以通过模拟浏览器界面查看和管理
·基于Python的脚本接口,可以用来控制模型的生成和执行,使多个细胞和优化网络模型模拟运行
要求:
·
的Java 此版本中的新功能:
·改进的3D可视化的细胞和网络段位于距离酒店几百微米以上
·从原点。现在3D视图中可见单元格中间的中心。如果只包括原产地“显示3D轴”选项
·选择。也去掉恼人的剪裁,后面的3D视图缩小时。
·纯NeuroML项目V1.8.1格式保存细胞形态的文件夹中添加选项。现在,所有的通道,突触
·在一个项目中的细胞可以存储在本机NeuroML。也有利于比较版本之间的形态学文件
·提交。
·添加了警告,如果一个项目包含多个ChannelML的文件有不同的价值观,反转电位
·但使用相同的离子(例如绽出= -77在一个k在另一个通道,-87)。弹出一个警告对话框时,这样的渠道
·在一个单元格(不覆盖ChannelML文件使用IonProperty在细胞)。
·大量的更新与发展SPE细胞和渠道的出口NeuroML 2 ...