查看和分析分子相互作用网络
Cytoscape的生物途径和分子相互作用网络可视化设计是一个综合性的生物信息学软件平台。
应用程序也可以整合这些网络的注释,基因的表达谱和其他国家的数据。虽然Cytoscape的神器出山:www.shenqi73.com最初设计用于生物研究,现在它是一个复杂的网络分析和可视化的通用平台。
Cytoscape的支持很多标准的网络和注释的文件格式,包括:简单的交互格式(SIF),GML,XGMML,BioPAX,PSI-MI,SBML,OBO,与基因的关联。
带分隔符的文本文件和的活页簿支持,你可以导入的数据文件,如表达谱的GO注释,所产生的其他应用程序或电子表格程序。
您可以导出网络,高品质的图像。该软件支持PDF,EPS,SVG,PNG,JPEG,BMP文件。“Cytoscape的”
下面是一些主要特点:
·过滤器在网络上选择的节点和/或根据当前的数据的交互的子集。
·寻找积极的子网/通路模块。
·放大输入/输出和泛用于浏览网络。
·图像导出
·自定义网络数据显示,使用功能强大的视觉样式。
·布局网络在两个方面
·由于Cytoscape的支持导入/导出标准的文件格式,你可以很容易地把Cytoscape的到您的工作流程。
此版本中的新功能:
更新欢迎画面:
为方便起见,Cytoscape的,它提供了简单的方式来访问样本数据集和公共数据库在启动时显示欢迎屏幕。
边缘弯视觉特性的:
·折曲现在是标准的视觉特性。您可以使用它作为您的视觉样式的一部分。
边缘捆绑:
·你可以捆绑边缘的全自动封边捆绑。密集的网络视图,此功能非常有用。
网络注解:
·您可以添加注释和简单的形状,背景或前景的网络视图。
高级搜索功能:
·从这个版本,EnhancedSearch插件是核心的一部分。您可以使用Lucene语法来搜索网络。
显示数据表中浏览器的所有功能:
·通过选择“显示所有数据表中浏览器的选项,你可以显示表中的所有网络对象。当您选择相关的表中的行,将选择的节点和边。
网络收藏:
·Cytoscape的3管理基于网络收集的网络。当你加载网络Cytoscape的,你可以选择创建一个NE ...