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基于Python的仿真环境中进行遗传学研究

simuPOP是专门建立一个通用的以个人为基础的前瞻性群体遗传学模拟环境。

内置对Python，simuPOP的应用程序提供了大量的对象和功能，以控制人口和人群向前发展的机制。

使用R / S-PLUS-like环境中，用户可以创建，操作和发展人口交互方式，或写一个脚本并运行它作为一个批处理文件。由于其灵活性和可扩展性的神器出山:www.shenqi73.com设计，simuPOP可以模拟大型和复杂的进化过程提供方便。

在一个更加人性化的水平，simuPOP提供了越来越多的内置脚本从实施的基本人口遗传学模型生成的数据集复杂的进化情况下进行模拟。

下面是一些主要特点“simuPOP”：

·simuPOP提供了三种类型的模块，使用方法1，8或32位来存储等位基因。适用于模拟大量的SNP标记和长模块（> = 32位）是适合一些人口遗传学模型，如的无限等位基因突变模型模拟的二进制模块（1位）。 simuPOP支持不同类型的染色体为常染色体，性染色体和线粒体等，与任意数量的标记。

·simuPOP支持常染色体，X染色体，Y染色体和线粒体染色体的一个特殊的情况下，一组定制的染色体类型。

·浮点数的任意数量，被称为信息字段，可以附加一个人口的个人。例如，信息字段father_idx和mother_idx的用于跟踪个人的父母，和pack_year可以用来模拟与吸烟相关的环境因素。

·simuPOP不施加任何限制数量的同源染色体，基因组的大小，或在一个群体中的个人数套。在进化的过程中，可以拥有一个以上的人口最多的近几代。从这些人口多代家系可以品尝到。

·操作员可以是本机（实现C + +）或混合（Python的协助）。的混合运算符调用用户提供的Python函数实现任意的遗传效应。例如，混合动力的mutator被突变的等位基因传递到的用户提供的函数，根据返回的值，这些等位基因变异。

·simuPOP的设计考虑到性能和可伸缩性。它可以使利用现代CPU的多个核心，可以模拟数以百万计的个人长的染色体。有关详细信息，请参阅向simuPOP烹饪书。

·simuPOP提供了超过70家运营商，涵盖所有重要方面的遗传研究。这些措施包括突变（K-等位基因，逐步广义阶梯式和混合式），移民（任意，可以创建新的亚群），基因重组和基因转换（均匀或不均匀，性别），数量性状（单一，多位或混合的），选择（单点的，添加剂，乘法或混合多点模式），外显率（单，多基因或混合型），认定（病例对照研究，的受影响sibpairs，随机，核和大开山鼻祖），统计计算（包括但不限制等位基因，基因型，单倍型，杂合子数量和频率;期望杂合度;二等位基因，多等位基因，和连锁不平衡的措施），谱系跟踪，可视化使用?或其它Python模块和加载/保存在simuPOP的原生格式和许多外部格式，如联动。

·交配的计划，以及许多运营商可以在虚拟的一个亚群亚群。正选型交配例如，可以通过交配个人实现相似的属性，如祖先。每交配事件的后代的数目可以是固定的，或者可以按照一个统计分布。任意非随机交配计划，选型交配，人口年龄结构和重叠世代的特殊情况下，可以模拟。

有据可查·simuPOP。最新版本的simuPOP提供超过150个例子，在其用户手册（200页），一个完整的参考手册。的simuPOP网上食谱提供了许多额外的模块，允许与其他应用程序simuPOP工作，功能和不同的应用程序的脚本。

也许最重要的是，simuPOP完全向你敞开，在这个意义上，
·您可以观察到的任何个人的任何信息，在任何一代人的不断变化的人口。一个simuPOP进化的过程是完全透明的你，让你可以检查它的性能非常密切。
·simuPOP是非常有据可查的，所以，你可以找到任何你使用的函数和运算符的细节。数学公式，甚至实现细节提供了重要的遗传因素，尤其是当有不同的实现。
·simuPOP是开源的，所以你可以随时检查引擎盖下是怎么回事。

·虽然这种开放是压倒性的，它给了严重确切知道他们的模拟运行用户一个平和的心态。

要求：

·的Python

此版本中的新功能：

新的特点：
实施时间估计的抽样计划的有效群体大小：
·添加的变量Ne_tempoFS_P1，Ne_tempoFS_P2，Ne_waples97_P1和Ne_waples97_P2。
·的变量Ne_tempoFS和Ne_waples97现在已经过时。
·一个新的文件格式，以提高效率和减少内存占用的保存/载入simuPOP人口。

BUGS：
·修复setOption（版本）为的未成年人simuPOP发行版的版本字符串结束的A，B，等
·为彼此非常接近的位置，修复lociPos。
·修正了一个错误的赋值函数崩溃的低突变率。
·崩溃的重组强度低，修正了一个错误的recombinator。