分子动力学的NMR数据分析
放松是一个特别设计的分子动力学模拟研究,通过分析实验NMR数据包。
有机分子,蛋白质,RNA,DNA,糖,和其他生物分子都被支持。它最初被写的蛋白质动力学分析模型,虽然它的神器出山:www.shenqi73.com范围已明显扩大。
放松的帮助下,你可以分析模型,核磁共振驰豫(R1,R2,NOE),减少谱密度映射,N-状态模式,帧顺序理论。
这里是一些主要特点的“放松“:
下面的核磁共振弛豫数据的分析技术,目前所支持的放松:
·无模型分析
·减少谱密度映射
·一致性测试 - 多场核磁共振弛豫数据的验证
·指数曲线拟合(R1和R2 NMR弛豫率)
·稳态NOE计算
·测定的绝对构型的柔性分子(各向同性和各向异性的NMR参数(NOE,净资产收益率和RDC)与MD模拟或模拟退火算法相结合,ORD)
·N-调查域的运动状态模型
·帧顺序理论
·顺磁性标记的糖的构象分析
·分析的RDC和分波截面的结构,利用集合(N-动力学模型)
以下
工具要使用的任何数据分析技术的模块化组件被实现为:
·大量的高精度优化算法
模型选择:
·赤池信息标准(AIC)
·小样本校正的AIC(国际会议中心)
·贝叶斯Schwarz信息标准(BIC)
·自举模式选择
·单项-out交叉验证(CV)
·假设检验方差分析模型选择模型的特定技术,曼德尔等人,1995年支持
·Monte Carlo模拟(所有数据分析技术的误差分析)
·型号的消除 - 去除失败的模型前,模型选择
此版本中的新功能:
产品特点:
·改进了放松API文档
变化:
·更新发布清单,以包括devel_scripts / log_converter.py脚本的使用。
·修改了手动字幕放松,因为这不再仅仅是放松的分析。
·文档字符串修复的maths_fns.vectors.random_unit_vector的()函数(这是的API文档http://www.nmr-relax.com/api/“)。
epydoc的文档字符串修复的dfunc_standard的()N状态模型的目标函数(这是的API文档http://www.nmr-relax.com/api/“)。
·epydoc的文档字符串修复的扩散张量对象的放松数据存储。
·添加和编辑一些模块docstring中。
·模块和包的docstring中添加/使用SCons脚本的改进。
·大量的模块和包的docstring分析具体的代码更新。
·模块的docstring的放松数据存储模块的增加和改进。
·的generic_fns包的docstring增加。
·新增的主要放松模块一个模块的docstring。
·创建S. ..