软件名称：[B]阵列设计师4.25生成42501_Array Designer 4.25 Build 42501[/B]
软件类型：国产软件
运行环境：Win9X/Win2000/WinXP/Win2003/
软件语言：简体中文
授权方式：共享版
软件大小：45.5 MB
官方主页：Home Page
更新时间：2013-02-25 18:16:00
软件简介:

应用程序，可让您设计任何类型的数组。

阵列设计师设计的引物和探针寡核苷酸和cDNA微阵列在几秒钟内的数千。的阵列设计师设计探针，SNP检测，微阵列基因表达和基因表达分析。此外，全面支持平铺阵列和重测序阵列。

阵列设计师设计的神器出山:www.shenqi73.com具有高度特异性寡核苷酸解释对任何在NCBI基因组数据库或本地的自定义数据库的BLAST搜索结果。自动回避而设计的寡核苷酸任何显着的同源性鉴定。重复区域的自动识别和避免。

您可以在多个运行在一个单一的搜索序列的SNP检测和基因表达分析设计引物和探针。我们的客户，超过10,000序列通常选择的时间。

与阵列设计器中，你可以研究整个生物体的基因组成，毫不费力地通过检测每一个基因在整个基因组或外显子。这使得很容易发现差异并有选择性地剪接，单核苷酸多态性，DNA序列变异的个体或群体和比较基因组杂交（CGH）。

您可以发现每一个碱基的基因组序列，也被称为全基因组扩增，避免重复区域。设计阵列调控元件的特点，研究表观遗传修饰，甲基化模式与蛋白质的结合位点从来就不是那么容易了。

阵列设计师设计重排阵列，而可以检测SNP和其他大量的样本的序列变异。的重测序阵列设计中的常见问题之一是调用模板间的交叉杂交所造成的虚假基地。凭借独特的功能，我们称之为项目BLAST，可以识别和避免相应的地区，创造误报的。

以下是的“阵列设计师”的一些主要特点：

探针和引物设计
·选择的探头设计：阵列芯片项目，设计师可以设计出一个或多个探头，每个序列。允许指定的最小距离之间的两个探针，以避免重叠。
·产品定位：允许长度（扩增子）和产品的位置，即在3'末端，5'端序列中的任何地方指定产品。
·全面的选择标准：屏幕寡核苷酸的热力学性质以及二级结构。图形的结构也显示出来。
·排名：使用统计优化技术，设计出最佳的引物和探针，每个模板。也可列表的替代设计。
·算法：计算寡核苷酸的Tm最近的邻居热力学算法。

BLAST搜索
·特异性检查：自动提交成千上万的搜索。结果的解释和避免窗口中显示的同源性。
·批次顺序的BLAST搜索：阵列设计师可以序列的BLAST搜索数百个。结果解释，并设计引物时发现的同源性是可以避免的。
·本地BLAST：阵列设计师可以对一个自定义本地数据库，可以在一台Unix机器，使用WWW独立的NCBI BLAST设施BLAST搜索。阅读内置的产品帮助的详细信息。
·桌面BLAST BLAST搜索序列与本地自定义的数据库，而不需要一台单独的机器上建立一个服务器。只需保存在您的计算机上的序列文件（txt或。发），并要求阵列设计BLAST搜索查询序列对他们。
·验证的具体设计：程序设计的引物和探针，可以对所有在NCBI核酸数据库，以验证设计的特殊性BLAST搜索。
·重复区域：优化BLAST搜索参数，同时寻找人类的RNA（以前称为基因在NCBI）数据库，来检测人的重复。

SNP检测和SNP基因分型
·SNP载荷：轻松添加单个SNP的时间或负载成千上万的SNP位点使用标准序列变异文件的。
·的SNP检测：设计探针（野生型和突变），SNP SNP检测探头的中心。
·SNP基因分型使用Array设计师：设计SNP基因分型与SNP的探针或探针的3'末端的上游的一个基站。

全基因组阵列
·长度：探头可以设计用于由用户选择的片段的大小。该序列分解成小的大小相等的片段，然后，它们的每一个被设计为一个特定的探针。
·位置：探头可以设计基因/片段，开始和停止的位置，可以从一个文本文件导入。
·通过注释：探头可以设计基因外显子的注解，可以从GenBank文件中读取。
·BLAST，以确保特异性：对于全基因组序列，阵列设计器会自动创建一个本地的自定义数据库的输入序列的BLAST搜索对每一个片段。为了验证设计的特殊性，你可以爆炸的设计寡核苷酸。
·序列大小：设计师可以设计探针阵列，覆盖了整个基因组的生物体。这种能力是非常有用的，以研究基因间的表达和基因内区。片段可以产生以进行研究的基础上，它们的长度，它们的位置，或通过指定的注解，例如基因，外显子或两者。
·统一的Tm值：数组设计师设计探针的二级结构和均匀的Tm值，确保微阵列实验的成功率很高。

平铺阵列
·序列大小：阵列设计师可以平铺引物设计的中小型基因组研究蛋白质结合区域。您可以根据所需的特异性，产生不同或重叠的扩增子。
·鲜明的扩增子：引物的设计，例如，有相邻的扩增子之间没有重叠。
·重叠扩增子：引物的设计，使得相邻的扩增子侧翼区彼此重叠。
·使用Array设计的全基因组扩增

再测序阵列
·重测序的探头设计：除了标准的探头，阵列设计师还设计了重测序阵列。你可以使用自定义的重测序阵列，SNP和其他序列变异检测的样品中有大量的应用，如生物武器的病原体的研究，细菌鉴定，易感性和抵抗疾病或发现表型性状的遗传基础。
·BLAST搜索：通过杂交重测序芯片的设计所面临的挑战是实现尽可能低的假阳性率。阵列的设计提供了一个新颖独特的项目BLAST，以确定这些地区的能力，并建议多芯片解决方案。
·避免重复区域：您可以简单地连接到流行的重复掩蔽使用的方便链接和阵列设计器将避免产生斑点，可能会产生误报。


要求：

·CPU奔腾IV
·RAM 256 MB的可用
·硬盘空间500 MB可用
·屏幕分辨率800 X 600 1024 X 768


限制：

·充分体现了每一个功能和功能的产品，但仅限于提供的样本数据。

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