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软件名称:[B]IdeogramBrowser 0.20.4[/B]
软件类型:国产软件
运行环境:Win9X/Win2000/WinXP/Win2003/
软件语言:简体中文
授权方式:共享版
软件大小:18.4 MB
官方主页:Home Page
更新时间:2013-02-25 18:16:00
软件简介:

染色体分析变得更加容易。

IdeogramBrowser是一个方便的,基于Java的应用程序设计用于方便地比较一组输出文件的Affymetrix公司的染色体拷贝数分析工具。在核型表示的基因杂合性缺失(LOH)或损失/收益标记,绘制和其相应的神器出山:www.shenqi73.com染色体区域。

下面是一些主要特点“IdeogramBrowser”:

·绘图的SNP标记核型图(从NCBI MapView类的汉字表产生总是有新的36.2数据库)。请参阅附录A中更改默认的数据库。
·SNP数组的大小为10K,50K,100K,和500K可以导入从Affymetrix公司的拷贝数分析工具(CNAT 3和4 CNAT)直接在CNT文件格式(版本1.0和1.1)。
·一般的制表符分隔的文本文件格式,可以导入引进国外的数据(例如,所产生的电子表格应用程序,例如Microsoft Excel)。所以软件并不限于Affymetrix公司的SNP阵列和Affymetrix的拷贝数分析工具(CNAT 3和4)。 SNP分析可以结合例如阵列CGH数据。新CNAT 4格式将蕙在第二个文件中的标记。如果文件具有相同的前缀LOH的文件会自动加载,在打开的拷贝数(CN)文件。
·绘制基因的分子标记,从NCBI MapView类数据库的本地副本(BUILD 36.2)
·批处理/多文件导入。合并分割的文件。
·阈值,LOH log2ratios(杂合性缺失),SPA(单点分析拷贝数),GSA(平滑基因组拷贝数)标记生成的值(后者仅适用于超过1万个SNP位点)的芯片。
·通过过滤功能的降噪
·Conensus地区的代表性。
·到http://www.genecards.org的链接
·导出JPG,SVG和PDF格式。
·打印功能(打印可能无法正常工作在Linux下CUPS结合 - 这是一个Java 1.5/CUPS的问题:将图表导出为PDF和打印,如使用Acrobat Reader)
·简明模式包括只显示轮廓线与畸变。

要求:

·的Java

此版本中的新功能:

·文件导入 - 错误修复。
·内存泄漏 - 错误修复。


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