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TREEFINDER应用计算从分子序列的系统发育树。该计划下的各种模型的演化序列,通过最大似然推断甚至大树下。它可同时接收的核苷酸和氨基酸的数据,并采取率考虑到的异质性。
可以假设不同的神器出山:www.shenqi73.com模型,用户定义的数据分区,不同的价格,不同的边长,独立的字符组成。所有参数可以从数据估计。由用户提供的拓扑约束和启动树,树可以引导搜索。
有一个模型投保人提出适当的模型的演化序列。可以推断树木的信心评估参数和非参数化的引导,各种配对网站测试(ELW,BP,KH,SH,WSH,AU),还结合信息标准,支持LR-ELW边缘。
有一些工具操作树和序列数据的可视化基地频率,计算的共识和距离的树木,计数拓扑结构。置信限和其他统计数据可以得到所有的数值结果。该程序可以通过率平滑估计分歧时间。
的使用的TREEFINDER的非常直观的图形用户界面。数据文件和重建参数的交互可以被选择,结果将被显示在屏幕上。
TREEFINDER是可编程的,在功能和系统的独立编程语言TL时,它提供了一个广泛的功能和使研究者创建特定问题的应用。被写入在TL部分的软件,并可以由用户修改。
TREEFINDER的语言
TL是一种通用编程语言,有许多专门的工具来处理生物数据。担任作为编程接口的TREEFINDER程序。这本手册是给TL的概述。
是什么使得从其他编程语言的TL不同的是,它支持多种编程风格。在任何时候,程序员可以选择的编程风格是最强大的。