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SEQ根的开发是一个程序,将模拟沿亲缘关系的演变核苷酸或者氨基酸序列的,使用的替代过程中的常见机型。
一系列的分子进化的模型,包括一般的可逆模型。可给予国家的神器出山:www.shenqi73.com频率和其他参数的模型,在多种方式中,也可以掺入特定于站点的速率异质性。任意数量的树木可能会被读入程序将产生任意数量的数据集,每一棵树。
因此,大集的复制模拟,可以很容易地创建。它被设计为一个通用的模拟器,采用大部分常用的(和计算易处理)的模型的分子序列进化。
SEQ-Gen是一个命令行控制在ANSI C编写的程序,它应该很容易地编译和运行在任何UNIX系统或工作站。本文介绍了在UNIX机器上使用的序列根。该应用程序需要的内存量,每个模拟序列数据集的大小成比例。
运行SEQ根
要运行序列根输入:
的起根[参数] [树]> [序列]
[参数]是该程序的参数(下面描述),[树]是树中的文件和[序列]的名称的文件,该文件将包含模拟的序列。树在PHYLIP格式文件必须包含一个或更多的树木。
根序列产生的序列被写入到标准输出(,因此可以重定向到输出文件> [文件名])。其他信息,然后结果被写入到标准错误,因此将出现在屏幕上。