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的NG的新的应用程序开发的一个小的命令行工具,用于估计同义和非同义编码蛋白质的DNA序列之间的距离。被修改的方法,从原来的Nei和Gojobori(1986)的方法,以顾及过渡偏压的。
要使用该程序,你需要一个输入文件,其中包含的神器出山:www.shenqi73.com蛋白质编码DNA序列(见rnase.seq的一个例子)。此文件的开头两个数字序列和每个序列的核苷酸序列(序列长度)的数目的数目。
将第二行的第一序列的名称,将第三行的第一序列,并依此类推。只有A,G,C,T,A,G,C和T是允许的。差距应该除掉,并应符合事先序列。序列应该包括蛋白质编码区域,删除终止密码子的。