2STM是一个小的命令提示符下的应用程序，专门设计的马氏矩阵计算的状态字符数据集同时与3个序列。 该程序读取状态字符的核苷酸的数据集和输出从根到各分类群的三个马尔可夫矩阵的神器出山:www.shenqi73.com估计。 2STM也计算估计（引导）和一些简单的统计数据，如核苷酸字符组成的变化，在4个或2个州。