DAMBE是一种小型,易于使用的应用程序,专门帮助您与数据分析和分子生物学与进化。
这些都是一些DAMBE功能:
序列比对:
·通用序列比对,核苷酸和氨基酸序列
·对齐蛋白质的神器出山:www.shenqi73.com核苷酸序列编码对对准的氨基酸序列的
分子系统发育:
强>·基于距离的方法,包括邻接,惠誉Margoliash,FastME和UPGMA,连同各种遗传距离,包括同时估计的最大复合可能性的距离,以及各种距离的基础上的核苷酸,氨基酸和密码子置换模型,例如,一般时间可逆模型(GTR)的核苷酸序列或微卫星数据的基础上逐步突变模型的基础上的距离。
·最大简约法
·最大似然方法
·多功能的树显示面板出口高品质的树木出版的
·核苷酸为基础,基于密码子模型的相对速率测试
·树的分子钟假说为基础的测试
·约会物种或基因复制事件与单个或多个校准点
·检测重组(辛普劳,BOOTSCAN和兼容性矩阵的基础上的一种新方法)
估计:
·率异质性的伽玛分布的形状参数
的比例不变网站
·测试替代饱和
·寻找最匹配的替代模型
生物信息学工具:
·您的位置权重矩阵表征和预测基序
·感知器的双组分类的基序
·吉布斯采样表征和预测的小说/隐藏序列图案
·隐马尔可夫模型
·二级结构预测
·tRNA的反密码子识别
·RSCU和CAI的密码子使用偏好与表征
·计算蛋白质的等电点
·肽质量指纹图谱
·广泛实施的各种序列格式,从最简单的FASTA格式的注释丰富的GenBank格式。与GenBank格式,可以很容易地提取编码序列(CDS)的,外显子,内含子,外显子 - 内含子交界处,rRNA基因,tRNA基因,序列的上游或下游的信用违约掉期,和其他许多人。