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SIMCOAL是一个方便,易于使用的应用特别设计,以帮助您模拟任意数量的DH群体中的一组完全连锁位点的分子遗传多样性。
它是基于回顾性成膜助剂的方法最初由金曼(1982b;,1982年),并清楚地暴露了一系列的神器出山:www.shenqi73.com其他文件(Ewens 1990年哈得逊1990年Donnelly和Tavaré1995)。
不聚结的落后方法模拟了整个人口的遗传史,就像在传统的正演模拟,而是重建(成膜助剂历史)画从不同的demes在人群中的基因样品的基因家谱。
成膜助剂过程对于中性基因,这主要取决于历史上的人口结构和人口,是独立的突变过程。该程序模拟的最近的共同祖先(MRCA)的所有样品中的基因突变开始,并把它们添加独立的假设均匀,稳定的泊松过程的所有分支的家谱。
使用这两个步骤的方法(聚结剂突变),许多重复单倍体样品的DNA序列,RFLP或微卫星的数据,可以是模拟的非常迅速。允许一个大量的模拟样品的分析获得的经验分布,可以是来自于基因数据,包括统计数据,其中没有分析推导是可用(哈德森1993)的几乎任何统计。
该方案的典型应用包括研究的瓶颈,复杂的情况下,掺合料,或集合种群系统的情况下,像内和群体间的遗传多样性的格局复杂的demographies的影响。
虽然这个应用程序生成单倍体样本的基因或单倍型,二倍体数据可以产生Hardy-Weinberg平衡的假设下,采取随机对单倍型形成二倍体基因型