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pknotsRG是一个折叠的RNA二级结构,包括简单的递归假结之类的工具。
该程序运行在O(N ^ 4)时间和O(N ^ 2)的空间,因此,其应用的BiBiserv这里是有限的长度可达800个碱基的神器出山:www.shenqi73.com序列。不含有假结结构的能量参数是相同的,在实际mfold的3.1。的折叠式的温度被固定到37C。
目前,有三种不同的模式可供选择:
pknotsRG-MFE:计算最小自由能(打结或没有)的结构的。
pknotsRG-ENF:实施了假结:它提供了大力最好的完整的结构,包括至少一个假结的地方。
pknotsRG-loc:表示提供当地最好的,可以是任何结构元件的s,其中每个核苷酸的自由能“最好的”是指由假结。其余的遗体展开
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