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FONZIE信息学是一个基于Python的应用程序所建立的遗传制图专业。
FONZIE可以让你找到一组序列和联营公司的寡核苷酸作为标记。
FONZIE调用串联重复搜索上输入核酸序列文件(FASTA格式)。
每个标记筛选关于不同标准(大小,%匹配的神器出山:www.shenqi73.com输入序列中的特定区域中的存在)。
然后,标记物的灵敏度建立对数据库进行BLAST的核酸序列(其中包括输入文件)。此数据库之前创建的使用FONZIE。
在下一步骤中,引物对的设计,使用引物,为所选择的标记。 FONZIE然后测试对数据库的扩增产物,使用BLAST的灵敏度。
输出文件FONZIE是一个制表符分隔的文本文件,包括标记和引物上的数据,这是一个dat文件的输出TRF和3个目录分别包含标记序列的FASTA,扩增产物在FASTA序列和数据文件每个标记。