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Prodar,也被称为是建立一个搜索工具,用于查询的候选结构比对PDB蛋白质雷达。
输入到搜索是一种蛋白质的主链结构,从一个标准的PDB文件(文本),并把结果返回读取仅仅基于骨干,但无任何关于序列信息的神器出山:www.shenqi73.com结构相似性。
prodar标识部分匹配,查询结构的一个相对较小的部分,使得可以在PDB中对其他结构的部分相匹配的链的相对大小无关。
我们的目的是,该工具会自动识别常见的结构域,在其他不同的蛋白质结构。然后可以在结构排列在不同的工具,找到一个RMSD(Prodar只是提出建议)。