pybrn 0.4测试版_pybrn 0.4 Beta

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分析生化反应与此Python工具

pybrn建成的分析生化反应网络是一个Python包。

pybrn的设计主要是作为一项基本的研究人员开发自己的模型分析例程在Python库。

下面是一些主要特点“pybrn”：

·基本模型的神器出山:www.shenqi73.com创建，数据处理和评价
·进口SBML文件到pybrn的数据结构
·网络保护关系的分析
·计算稳定的状态和稳定状态分支
·融合网络的微分方程

要求：

·的Python 2.x版本
· numpy的

此版本中的新功能：

·新增Gillespie算法仿真的实现。
·添加了VODE的模拟器与停止条件。
·改进的进口的SBML车型。
·添加了一个函数从一个给定的化学计量矩阵生成网络与集体行动反应：brn.make_massaction_network（化学计量）
·添加了一个选项来改变单一参数/种在BrnEvaluator.set（）
·添加了一个方法只是网络日晷模拟器模块预编译：brn.simulation.compile_model（净“，MODULE_NAME”）