simuPOP 1.1.1修订4744_simuPOP 1.1.1 Revision 4744

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基于Python的仿真环境遗传学研究

专门修建

simuPOP是一个通用的基于个人的时间向前群体遗传学的仿真环境。

内置在Python，simuPOP的对象和函数创建以操纵人口和机制，在时间上向前发展的人口提供了大量。

使用R / S-PLUS般的神器出山:www.shenqi73.com环境，用户可以创建，操作和交互方式进化人口，或写一个脚本并运行一个批处理文件。由于其灵活的和可扩展的设计，可以模拟simuPOP庞大而复杂的进化过程提供方便。

在一个更加人性化的水平，simuPOP提供越来越多的内置脚本进行模拟，从群体遗传学模型基本实施复杂的进化情景下产生的数据集。

这里是一些主要特点“simuPOP”：

·simuPOP提供了三种类型的模块，使用1,8或> = 32位来存储一个等位基因。的二进制模块（1位）是适合用于模拟大量的SNP标记和长模块（> = 32位）是适合用于模拟一些群体遗传学模型，例如的无限等位基因突变模型。 simuPOP支持不同类型的染色体为常染色体，性染色体和线粒体等，使用任意的标记数量。

·simuPOP支持常染色体，X染色体，Y染色体和线粒体染色体定制染色体类型的一组作为一种特殊情况。

·任意数量的浮点数，被称为信息的字段，可以连接到个人了人口。例如，的信息字段father_idx和mother_idx用于跟踪一个人的父母，并且可以用来pack_year模拟与吸烟相关的环境因素。

·simuPOP不施加任何限制数同源套染色体，基因组的大小，或个人在人口的数量。在进化过程中，人口可以容纳不止一个最近几代。家谱可以品尝到这种多代种群。

·操作员可以是本机（实施C + +）或混合（Python的协助）。一种混合的运算符调用用户提供的Python函数来实现任意的遗传效应。例如，一种混合的mutator突变等位基因传递到一个用户提供的函数，并根据返回的值，这些等位基因变异。

·simuPOP是性能和可扩展性的考虑而设计的。它可以使利用现代CPU的多个核心可以模拟数以百万计的个人与长染色体。请参阅库克simuPOP书细节。

·simuPOP提供了70多家运营商，包括遗传研究的所有重要方面。这些措施包括突变（K-等位基因，广义逐步逐步混合），迁移（任意，可以创建新的亚群），重组和基因转换（均匀或不均匀，性别特异性），数量性状（单，多位或混合），选择（单基因，添加剂，乘法或混合的多点模式），渗透率（单，多基因或混合），病例对照研究，查明（受影响sibpairs的，随机的，核和大谱系），统计计算（包括但不局限于等位基因，基因型，单倍型，杂合子的数量和频率;期望杂合度;二等位基因和多等位基因连锁不平衡的措施），谱系跟踪，可视化（使用?或其他Python模块）和加载/节省在simuPOP本地格式和许多外部联动等格式。

·交配计划和许多运营商可以对虚拟亚群的一个亚群。正选型交配例如，可以通过交配个体实施具有类似属性，如祖先。每个配合事件的后代的数量可以是固定的，或者可以按照统计分布。任意非随机交配计划可以模拟，选型交配，人口年龄结构和重叠几代作为特殊情况。

据可查·simuPOP。该的最新版本simuPOP提供超过150个例子，它的用户指南（200页），一个完整的参考手册。的在线simuPOP食谱提供了许多额外的模块，允许simuPOP的工作与其他应用程序，功能和不同应用程序的脚本。

也许最重要的是，simuPOP完全向你敞开，在这个意义上：
·您可以观察到的任何个人的任何信息，在任何一代不断变化的人口。 àsimuPOP的进化过程是完全透明的，你这样就可以检查其属性非常密切。
·simuPOP非常有据可查，因此，你可以找到任何您使用的功能和操作的细节。数学公式，甚至实现细节是重要的遗传因素，尤其是当有替代的实现。
·simuPOP是开源的，所以你可以随时检查引擎盖下是怎么回事。

·虽然这种开放是压倒性的，它给了严重确切知道他们的模拟运行用户一个平和的心态。

要求：

·的Python

此版本中的新功能：

新的特点：
·添加操作OffspringTagger，在他们的家庭观众，以跟踪指数的后代。
·允许存取器输出的细节，每一个突变。
·添加参数byName的运作Population.addLociFrom。
·使用R包kinship2的，而不是血缘亲属包在simuPOP.sampling，因为现在已经被废弃。