Treefinder March 2011

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计算从分子序列的系统发育树

TREEFINDER应用计算从分子序列的系统发育树。该计划下的各种车型演化序列，通过最大似然推断甚至大树下。它可同时接收的核苷酸和氨基酸的数据率的异质性考虑。

独立的神器出山:www.shenqi73.com模型，可以假定用户定义的数据分区，单独税率的，独立的边长，独立的字符组成。所有的参数都可以从数据中估计。由用户提供的拓扑约束和启动树，树可以引导搜索。

有一个模型提案人，提出相应的模型演化序列。可以评估参数和非参数的自举，各种配对网站测试（ELW BP，KH，SH，恩，AU），也是在信息标准，结合边缘支持LR-ELW推断树木的信心。

有工具来处理树木和序列数据，可视化的基础频率，计算共识和距离树，数拓扑。置信限制和其他统计数据可以得到的所有数值结果。该程序可以通过率平滑估算分歧时间。

，使得TREEFINDER使用非常直观的图形用户界面。数据文件和重构参数可以交互式地选择，结果将被显示在屏幕上。

TREEFINDER可编程功能和系统的独立的编程语言TL，它提供了一个广泛的功能，使研究者能够创建问题的具体应用。部分软件被写入TL和可以由用户修改。

TREEFINDER的语言
TL是一个通用的编程语言有许多专门的工具来处理生物数据。作为编程接口的TREEFINDER程序。这本手册是给TL的概述。

是什么让TL不同于其他的编程语言，它支持多种编程风格。在任何时候，程序员可以选择

要求在特定情况下是最强大的编程风格：

·相关 Java运行时

此版本中的新功能：

·支持多核处理器
·并行自举
·并行模型选择
·TL延长并行编程
·更多的蛋白质型号：FLU，mtZOA，EX，掺水.. EXEHO。