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生物信息学方案,先进的RNA序列分析
这4周的全功能演示CLC RNA Workbench的 - 一个先进的RNA序列分析生物信息学计划。所有的分析是完全集成在一个单一的,用户友好,直观的软件应用程序。
下面是一个列表方介绍RNA工作台分析:
·二级结构预测
·图形化显示和编辑的神器出山:www.shenqi73.com二级结构
·表格视图的结构和能量贡献
·在顺序视图中的符号表示。
·搜索模式
·BLAST搜索
·通用序列分析
·核苷酸分析
·序列比对
·点图
·虚拟凝胶浏览器
下面是一些主要特点的“CLC RNA Workbench的”
生物信息学在CLC RNA Workbench的功能:
·二级结构预测
·图形化显示和编辑的二级结构
·表格视图的结构和能量贡献
·在顺序视图中的符号表示。
模式搜索:
·搜索序列匹配
·母题搜索的基本模式
·母题使用正则表达式搜索
·PROSITE图案母题“搜索
·模式发现(不明模式)
项目和数据管理:
·完全集成的数据输入,数据管理,计算结果和数据导出
·详细的历史记录
·所有类型的
文件可以保存在本地的项目,并推出了从程序
在大量的文件格式导入和导出数据
·选项,能够同时工作在多个项目中工作的时间,在几个活跃的工作区
其他生物信息学的特点:
·DNA,RNA和蛋白质序列的编辑器中显示的直线和圆弧的分子
·多个对准的DNA,RNA和蛋白质的
·加盟为一体的复合序列
·DNA,RNA和蛋白质的比对编辑器
·交互式标志沿两个DNA,RNA和蛋白质的路线图
·批量处理多个序列的分析,在一个工作步骤
·先进的重新调整和固定点对齐选项
·手动序列的注释
·点图分析
·本地复杂地区的分析和复杂性图
·峡部分图
·G / C含量分析和图表
·先进的两两比较
·提取注释
数据库检索:
·基于Web的序列用BLAST搜索
·BLAST本地数据库
·建立本地BLAST数据库
·GenBank中的Entrez搜索
·医学查找
·基于Web的查询在UniProt,NCBI,和谷歌
要求:
·
的Java ·1024×768的屏幕分辨率
·256 MB RAM要求,建议使用512MB RAM
限制:
·30天试用版
·纳格屏幕本发行版中的新功能:
新功能:
·重新设计的的BLAST
工具,已
·新的高炉数据库管理器的本地BLAST数据库,以方便管理和管理。阅读全文。
·更人性化的方式创建和访问本地BLAST数据库。
·更稳定的设计都BLAST的NCBI和本地BLAST当运行大型数据集。
·SNP注释使用BLAST工具已经停产。
·使用旧的数据库的迁移说明。
·改进了布局的限制性酶切位点的注解
·线性的观点:有一个新的选项标签显示为“叠放”,这意味着可以歧视的标签重叠的切点。阅读全文。
·循环的观点:有一个“径向”选项,将关闭的顺序可能与放射状布局的限制性酶切位点(和注释)。阅读全文。
·改进的布局一般注释
·线性的观点:有一个选项,以在不同的层中分离酶切位点和注释。
·循环的观点:有一个“径向”选项,将放置的注释...