CodonCode对准4.1.1_CodonCode Aligner 4.1.1

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CodonCode对准4.1.1_CodonCode Aligner 4.1.1

CODON 1.0

codonPhyML 1.00生成201211.04_codonPhyML 1.00 Build 201211.04

CodonW 1.4.2

快速，强大的和负担得起的顺序装配，校准，和突变检测

CodonCode定位仪是一家领先的软件程序，用于DNA序列分析。

广泛应用于进化研究，生物地理学，和其他生物医学领域，它提供的竞争程序中没有的功能，包括CLUSTALW和肌肉的神器出山:www.shenqi73.com能力比较重叠群，跟踪锐化，往返编辑，和基地调用PHRED，以及标准的功能，如组件，跟踪和重叠群编辑，最终剪裁，和突变检测。

这里的“CodonCode对准”是一些主要特点：

导入和导出：
FASTA，GenBank登录，或EMBL格式的导入序列色谱ABI，AB1，或SCF格式，导入文本文件中
·创建新的的文本序列和进口从GenBank登录号
·出口序列，一致序列比对，蛋白质的翻译SCF，FASTA，NEXUS / PAUP或者PHYLIP

序列编辑和修剪：
·手动编辑序列重叠群，包括删除样品或contig端和重叠群分裂
·自动编辑工具：打电话或消除歧义，匹配共识，转换到N的低质量的基础，取消自动编辑
·快速导航工具栏按钮或键盘快捷键，用户自定义的地区的利益
·去除低质量序列的结束剪辑，删除载体的污染

序列拼接：
·使用的地方，最终到终端的组装碎片，或大的差距算法（基因和基因组）
·准确，高质量的基础的共识序列最大限度地减少需要手动编辑
大会通过名称来建立单独的许多克隆重叠群或标本
·组装Phrap

序列比对：
·对齐参考序列一致的cDNA和基因组DNA
·建立“重叠群的重叠群”：相互对齐重叠群肌肉或用Clustal
·返回的重叠群对准原来的痕迹与双击
·编辑序列的痕迹，在重叠群的观点，或对准重叠群，同时保持数据的一致性

限制映射：
·建立使用的任何组合的限制性内切酶的限制性图谱
·选择的识别位点，悬伸，截止频率的大小，制造商
·查看地图或文本单行或多行
·选择限制性片段限制地图的点击复制

突变检测和分析：
·呼叫二次峰序列的痕迹
·灵敏的检测杂合子SNP位点在组装或对准重叠群
·查看和导出的突变氨基酸水平的影响
·精确，灵敏的检测杂合子插入和删除
·分割的杂合子INDELS到较短和较长的伪等位基因
·减去揭示突变的等位基因的野生型的痕迹

差异表：
·现货的差异，在您的重叠群使用差异表
·验证的差异的差异表中的单元格通过点击导航到一个不同的重叠群
·浓缩版的不同表概述了所有的差异
·只有看感兴趣的可以通过使用过滤器的差异
·出口分歧

限制：

·30天试用版
·无法保存，打印或输出，如果您的项目包含重叠群

此版本中的新功能：

·支持新一代测序
·一个新的重叠群概述
·树的选择
·利用树木的分割重叠群
·突出序列标签
·读取和写入新的文件格式，导入的子集