便携式UGENE 1.11.4_Portable UGENE 1.11.4

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综合的生物信息学工具，您可以使用

便携式UGENE是一个复杂的基因组分析的套房设有多序列比对和复杂的的HMM建设者和搜索模块。

便携式UGENE完美的作品在Windows，Mac OS或Linux，并需要安装只需点击几下。

下面是一些主要特点的神器出山:www.shenqi73.com“携带UGENE”：

集成的工具：
·多序列比对肌力3级，KAlign，用Clustal;
·HMM配置文件的建立和搜索，HMMER 2和3 HMMER的来源;
·PCR引物设计利用Primer 3;
·克隆，在硅片的能力;
·NCBI BLAST和CDD数据库的查询;
·蛋白质二级结构预测使用GOR IV和PSIPRED的;
·系统发育分析与PHYLIP;
·搜索的限制性内切酶和整合REBASE;
·极快的重复取景器;
·DNA短的读取引用对齐使用的蝴蝶结;
·从头组装CAP3;
·搜索使用SITECON的转录因子结合位点;
·蛋白质回译;
·ORF取景器;
·完整的Smith-Waterman算法的实现;
·支持外部工具：BLAST +，MAFFT，T-咖啡;
·装配浏览器？一个闪亮的BAM观众。

用户界面：
·视觉和互动的基因组浏览，包括圆形质粒的看法;
·多比对编辑器;
·色谱可视化;
·3D浮雕立体模式，支持PDB及MMDB格式的文件浏览器;
·系统发育树查看器;
点图的可视化;
·查询设计器能够搜索复杂的注解模式;
·易于使用的工作流设计器自定义计算的工作流程。

高高性能计算UGENE：
·完整的现代多核处理器支持SSE指令;
·现代GPU（图形处理器）使用NVIDIA?（英伟达?）CUDA和ATI Stream的开箱即用的支持;
·支持云计算：运行在Amazon EC2云计算任务;
·超级计算机和分布式计算的支持。

合作方式：
·可用于学校和大学教育的目的;
·被纳入下一个版本的功能都是由用户;
·UGENE团队合作的相关项目，无论是免费或商用的准备。

此版本中的新功能：

·放大的最大命中数为远程BLAST结果
·基因组对准死锁
·删除PDB文件在调试模式下崩溃
·正确的物理内存大小为Win，Linux的信息
·基因组定位仪不工作，如果通过命令行运行（ugenecl）
·基因组定位器：“内存泄漏”的OpenCL模式
·基因组定位器：使用GPU优化“复选框启用，如果没有GPU能在设置
·基因组对准内存泄漏后，“建立索引”模式完成或取消
·基因组定位仪对准崩溃
·崩溃时参考序列的第一个大的一部分，包含N的基因组定位仪对准
·崩溃处理程序：发送报告胜利的x64信息
·基因组定位仪对准崩溃
·WD：复制元素后，拷贝参数不同
·崩溃，如果使用错误的蝴蝶结刀具路径，同时启动领结调整
·大会浏览器中显示的共识的问题
·的GFF文件是不正确的可视化
·Ugene T-咖啡对准开始崩溃
·去除序列比对编辑器的Ugene崩溃
·U. ..