RDM圈0.1.1_RDM Circles 0.1.1

程序自动化的比较分析RNA二级结构

该应用程序的设计是一个实验的Windows程序推断RNA二级结构，用比较的方法。

对比分析推断RNA二级结构是首选的方法，但它的使用需要相当的专业知识和手动的努力。准确的序列比对和系统发育分析二级结构的重要性变得越来越意识到，需要为不同的生物分类群的二级结构模型变得更加紧迫。

最大权匹配（MWM）是图论的神器出山:www.shenqi73.com方法来推断RNA二级结构，表现出了相当的承诺。它的输入的范围内的源，如自由能的考虑，互信息，或实验数据，可以是来自于一组碱基配对分数。

这些数据可以被表示为一个折叠的图，其中顶点是对齐的位置，并且连接一对顶点的线或边缘中给出的重量成比例的量，配对的证据。甲匹配是一个折叠的曲线图，其中没有顶点被连接到一个以上的其他顶点的子图。

最大的边的权重匹配的RNA结构是最好的估计。这种匹配可以包括二级和三级结构，如假结的信息。 MWM可以大大加快结构的RNA序列分析比较的过程中，并已成功通过测试，SRP RNA（tRNA的），和16S rRNA基因序列。