Rate4Site 2.01

程序为保守氨基酸位点检测

Rate4Site是一个程序，用于检测通过计算为每个站点中的多序列比对（MSA）的进化速率相对保守氨基酸位点。

概述：
氨基酸位点之间的进化速率是不恒定的：某些位置的变化缓慢，通常被称为“保守”，而其他的迅速发展和被称为“可变的”。率的变化对应于不同级别的净化选择作用于这些网站。

的神器出山:www.shenqi73.com净化选择可以上到它的三维结构的蛋白质折叠的几何约束的结果，在氨基酸位点涉及的酶的活性，或在配体结合或限制，或者，在氨基酸位点参与蛋白 - 蛋白相互作用。

Rate4Site计算相对进化速率在每个站点使用的是基于概率的演化模型。这使得考虑到随机过程的基本序列内的蛋白质家族进化与系统发育树在家庭中的蛋白质。在现场的保护得分对应于该网站的进化速率。

方法：
唯一的强制性的的输入到Rate4Site是的MSA的文件。然后程序计算的进化树与现有的MSA（用户也可以输入预先计算的树）是一致的。然后，它为每个站点的MSA计算相对保护得分。这是使用经验贝叶斯方法和最大似然法（Pupko等人，2002）。