跟踪器1.5_Tracer 1.5

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分析生成的跟踪文件的贝叶斯MCMC运行的程序

示踪的开发是一个程序，用于分析由贝叶斯MCMC运行（即，从链的连续采样参数值）的生成的跟踪文件。它可用于分析运行BEAST MrBayes，LAMARC和其他可能的MCMC方案。

有4个分析选项卡可供选择：
的神器出山:www.shenqi73.com估算值的 - 这显示平均值，标准偏差，置信区间和所选参数的其他统计信息。也将被绘制的频率分布。

密度 - 显示选定的参数的贝叶斯后验密度图。

的联合边际的 - 这才会出现只有2个参数的选择（按住SHIFT键选择多个参数）。然后绘制一个对其他看他们的联合边缘分布。

跟踪的 - 这显示了一丝对国家或代数量的参数。使用此检查混合，选择合适的老化和寻找问题，可能预示着收敛的趋势

按住shift键，可以选择多个参数。这将覆盖图，比较不同的参数。您也可以选择多个跟踪文件，以及比较不同的运行。如果有多个的跟踪文件具有相同的跟踪名字，然后一个“联合”跟踪将自动出现。可以选择该项目，以及作为个别的跟踪文件。

您也可以选择从分析菜单中的“人口分析” - 该地块的分布人口的人口规模随着时间的推移，一些车型（固定的大小，呈指数级增长及物流的增长），可在BEAST。这涉及到你选择的每个参数模型的痕迹。您应该只选择模型，该模型实际上是下运行的BEAST（例如，如果您运行的指数增长模型，你不应该绘制恒定的人口规模模型）。

“分析”菜单中还包含选项为进行贝叶斯蓝天重建和计算贝叶斯因子之间运行的。在“文件”菜单中的“打印”功能，将打印当前的图形或表格的“导出数据”功能可用于从另一个图形包中的情节，用于将数据导出。要导出当前显示的图形使用“文件”菜单中的“导出PDF”功能。

要求：

路相关 Java运行时

此版本中的新功能：

路的许多新功能，包括拖放和拖放文件导入。
新功能：
路现在可以导入日志文件拖动到窗口的左侧。
路马尔可夫随机场的单轨列车“分析选项 - 使用此选项进行分析时，BEAST在这种模式下产生的输出（米宁，Bloomquist一直Suchard，2008年，分子生物学EVOL 25:1459-71）。
路Burnins跟踪图（在苍白的颜色）。
路的ESS的“联合痕迹”计算，现在明确，而不仅仅是个人的ESS总结。这表明个人痕迹的情况下，采样不同的分布。

错误修正：
自己的路固定的错误时，选择“合并跟踪”。一个复选框可以隐藏这些。
路默认情况下，跟踪面板显示的子样本，而不是完整的跟踪。
路固定的问题时，列具有相同的名称 - 现在追加后缀。