HKA

一种计算机程序，进行了广泛使用的统计测试

HKA的开发是一种计算机程序，进行自然选择，是由哈得逊，RR，M. Kreitman和：M. Aguade（1987年测试的中性分子进化核苷酸数据的基础上广泛使用的统计检验。遗传学116：153-159）。

这个程序可以处理大量的神器出山:www.shenqi73.com位点和样本量，并进行测试，通过溯祖模拟以及传统的卡方近似。也可以被用来进行模拟自然选择的其他测试，包括测试Tajima的D统计（1989年）和D富和李（1993）的统计。

RATIONAL
HKA测试是基于最基本的分子进化的中性模型的预测，即在一个物种的DNA序列多态性，物种之间的DNA序列差异，将是成正比的中性突变率（木村，1968年，1969年）。

这些基本的期望，我们必须补充一点，多态也依赖于有效群体大小，分歧也取决于形态的时间，因为。当我们考虑从两个物种收集的数据，并从多个位点，我们期望所有的位点在物种将共享相同的有效群体大小，我们预计，每个位点，无论物种，有一个特点，中性突变率（取决于其长度和水平的选择性约束）。

因此我们可以认为数据的多态性和发散投中一个列联表的形式（图1）。预期值，每一个函数的基本模型的参数，是适合的数据，我们也可以建立一个类似的表。

这些参数是：
T - 时间，因为物种分化
f - 也就是比两个物种的有效的种群规模。
Theta_i = 4N1 u_i - 人口，品种1，N1 - 有效群体大小物种1和u_i的位点我是中性的突变率突变率位点我。
有一个的Theta参数为每一个轨迹。