ANC-GENE

推理的祖先基因序列的基于距离的贝叶斯方法

ANC-GENE应用程序的开发是一个小的命令行工具，用于推断祖先的核苷酸序列，编码蛋白质的基因，从当今序列的系统发育关系是已知的一组。

该程序首先通过基于距离的贝叶斯方法推断的氨基酸，然后推断底层通过固定的推断的氨基酸的核苷酸序列。

要使用该程序，你需要一个输入文件，其中包含的神器出山:www.shenqi73.comDNA序列，这些序列和树的拓扑结构（见rnase.seq的一个例子）。此文件的开头两个数字序列和每个序列的核苷酸序列（序列长度）的数目的数目。

将第二行的第一序列的名称，将第三行的第一序列，并依此类推。只有A，T，C，G，A，T，C和G允许的序列。序列应当对准和间隙或任何其他的符号被删除。该文件的最后一行是树的拓扑结构的序列。的树格式是在PHYLIP包（费尔森斯丁1995年）中所用的相同。需要注意的是无根树，所以硝化而比bification的需要为最深的分支节点。