导航器2.2.1_NAViGaTOR 2.2.1

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导航器2.2.1_NAViGaTOR 2.2.1

蛋白质 - 蛋白质相互作用网络可视化软件。

导航仪是一个方便，易于使用的应用程序，旨在帮助您可视化和分析蛋白质 - 蛋白质相互作用网络。

Navigator可以查询OPHID / I2D - 在线数据库的交互数据 - 并显示在2D或3D的神器出山:www.shenqi73.com网络。为了提高可伸缩性和性能，导航仪相结合的Java与OpenGL提供的2D/3D可视化系统在多种硬件平台。

该工具还提供了分析功能，并支持标准的导入和导出格式，如GO和蛋白质组学标准倡议（PSI）。

这里是“导航器”的一些主要特点：

·导航仪结合了可视化系统在OpenGL中实现的一个图形用户界面和分析算法在Java中实现。
·网络可以加载一个文件（制表符分隔，XML导航仪，BioPAX或PSI格式），或可以动态生成一个可视化的查询执行OPHID / I2D（Interologous的互动数据库 - 一个在线数据库已知的，HTP，并预测蛋白质 - 蛋白质相互作用对人，大鼠，小鼠，苍蝇，蠕虫和酵母）或cPath。
·“导航器”工作区支持多种网络的面板，可以被操纵的剪切，复制和粘贴节点和边。
·网络可以导出为制表符分隔，XML导航仪，PSI，或Paject网路分析格式，和多种图形格式（BMP，JPG，TIFF，SVG，PDF）。
·网络可以在2D和3D观看。
·节点可以被定位利用自动力导向布局和手动放置的混合物。的自动布局算法是一个多层次的力导向的布局算法，称为GRIP（图形绘制与智能配售）[Gajer和Kobourov，第八届研讨会上绘图（GD），2000]。由于近线性时间复杂度的抓地力，导航仪可以想像充分interactomes从I2D，。
·高度互连的子网，并且是集线器的节点（即，与许多其他节点交互），可以自动识别，以帮助分析。
·节点组可以被折叠成复合节点，无论是手动，或以自动化的方式。
·网络的子集可以是书签，并使用一套标准的操作，如并集，交集和差进行操作。
·节点和边的不透明度可以调整，以改变在网络中的元素的对比度和强调所选元素。

要求：

·相关 Java运行时环境1.5或更高的
·64 MB RAM
·300 MHz处理器
·20 MB可用硬盘空间
·支持OpenGL的视频卡不是必需的，但最新的OpenGL驱动程序是必要的。

此版本中的新功能：

·额外的数据查询能力的新I2D插件
·MITAB文件处理程序
·用户界面的变化
·PSI-MI XML文件格式为节点标识符修复
·导航XML文件格式保存网络平移和缩放的位置
·子集的边缘可自定义
·更好地支持子集
·直线/圆弧可以按功能布局
·新轴温控制选择邻居，绿树成荫，链条和双组分
·负载能力相互作用，通过Psicquic接口
·修正：当节点规模的“关联性”，它的尺度比例