PRODY 0.7.2_ProDy 0.7.2

开放源码Python包的蛋白质结构动力学分析

PRODY是专为基于结构的蛋白质的动态分析。它允许异质性的实验与理论预测构象动态的结构数据集和比较的定量分析。

实验数据集组成的序列的同系物，包括结构的神器出山:www.shenqi73.com合奏直向同源物，在它们的底物，配体或抑制剂的存在/不存在的蛋白质的突变体形式的。在结构变异的主导模式中提取通过主成分分析（PCA）的数据集的结构。

在理论方面，蛋白质动力学是使用正常模式分析（NMA）的弹性网络模型（能源管理）的基础上，从分子动力学（MD）的轨迹基本动力学分析（EDA）或提取的预测。大量的辅助功能使由此获得的实验数据和理论数据进行比较分析，可视化的主要构象，可在不同功能状态的变化。

在整个文档中的交互使用的例子中，输入是查询PDB文件格式，或仅仅在PDB的ID或单字母氨基酸序列的蛋白质的蛋白在原子坐标集。快速，灵活的PRODY解析器用于检索的PDB文件PDB FTP服务器和相应的数据集提取的坐标数据和其他相关信息。

高品质的图像文件，从PCA和NMA计算的结果可以被绘制并保存，或显示在VMD插件，使用NMWiz的。此外，PRODY允许PCA，NMA，EDA或其他软件所产生的结果进行比较分析。用户可以输入在纯文本文件，使用正常模式下的数据分析和绘图功能丰富的库

PRODY是一个开放源码Python包用于分析蛋白质结构动力学。它允许异质性的实验与理论预测构象动态的结构数据集和比较的定量分析。

PRODY和试驾充分驴能力！