蛋白质腔搜查0.0.21测试版_Protein Cavity Search 0.0.21 Beta

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蛋白质腔搜查0.0.21测试版_Protein Cavity Search 0.0.21 Beta

工具，内置识别腔

蛋白质腔搜索是一个基于Python的应用程序，旨在确定孔洞和裂缝的蛋白质。

该计划的主要目标是能够采取的一种蛋白质的结构和区分五种不同类型的环境中，各残基掩埋，表面，界面，腔或缝隙。

这里是“蛋白质腔搜查”的神器出山:www.shenqi73.com一些主要特点：

·计算量的内部腔体
·确定环境的离子化的残留物
·对于能够电离的残留物的埋藏深度计算
·离子化的残留物的堆积密度计算

要求：

·的Python

此版本中的新功能：

·删除了threads选项
·改变下载gz两种格式的PDB文件，以避免使用。
·实施全球范围内记录
·简化印刷的蛋白质和虚拟原子
·移动高级印刷功能iohandler.py
·删除CSUtils类简单的功能，并提出classmethods
·移动cs_utils csutils
·消除了转子类的，只是一个列表的功能
·移动的进口功能到FILEIO模块的
·摆脱了多余的网格方法有利于直接引用属性
·新增FILEIO模块
·重新输入常数和PDB原子在一个更清洁的方式实现阅读
·在一个更清洁的方式重新实现印刷的env参数
·一些重构和清理回事，。
·改变的xrange（LEN（东西））中的for循环来枚举（16）。
·删除相邻碳原子的打印。
·打印PDB ID的日志文件名。 - 需要重新考虑实施我的记录器。
·更改使用的xrange的效率。