加州大学旧金山分校的奇美拉1.5.3建立33475_UCSF Chimera 1.5.3 Build 33475

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分析所有的分子结构

加州大学旧金山分校的嵌合体专门设计的，高度可扩展的软件，可用于分子结构及相关数据的交互式可视化和分析。

这包括密度图，超分子组装体，序列比对，对接成果，轨迹，和构象合奏。也可以产生高品质的神器出山:www.shenqi73.com图像和动画。

这里是“加州大学旧金山分校的奇美拉”的一些主要特点：

轴和平面：
可以计算出轴，飞机和质心轴/飞机/质心工具或命令定义的原子的集合。轴可以被示出为气缸，作为磁盘的平面，并为球体的重心，和任何这些可以用在距离和角度测量。

例如，图中显示了多巴胺D3受体结合抑制剂（PDB条目3pbl）的作为蓝本进入膜的OPM数据库中。的内和外膜边界的平面中示出为透明的蓝色和红色的磁盘，分别。的蛋白带是彩虹色从蓝色的N-末端为红色，在C-末端，并且被示出为每个螺旋的轴线的气缸的颜色相配。红色的螺旋线的轴线形成的角度为15.1°与膜，和在3.5？的内边界。黄色和橙色的螺旋几乎是反平行（夹角5.9°）。从外部边界抑制剂原子的平均距离（最小值，最大值）7.9（5.1，11.7）。

量数据：
·奇美拉的卷浏览器中显示三维电子及光学显微镜，X射线密度图，静电势和其他体积数据。轮廓表面，网格和体积的显示风格和阈值是可以改变的交互方式。地图可以是彩色的，切片，分段，可以保存和修改。可以放置标记和结构可以追溯到。随附的颜色和径向，八分圆切出的电子显微镜图像显示的密度地图的海带飞病毒。

B-因子着色：
·结构可以进行着色显示值的属性，如原子的B因子。该图像包括一个分子的表面，已经被削波，并加盖，2D标签，和一个彩色键。彩色区是用于着色的平面的表面的横截面的（见图像如何）。

拉马钱德兰剧情：
·蛋白质主链的角度可以显示在一个拉马钱德兰剧情的概率等高线（绿线）从参考设置确定的结构。每个氨基酸残基被示为一个点的曲线图中的φ和ψ，更俗称作为德兰情节或德兰地图。上残留的显示为蓝色的圆点，或选择时，红点。在该示例中，所有的螺旋残基已经被选中。相反，在图中点击一个点，将选择的相应残基的结构。当积有鼠标焦点，光标位置（X =φ，Y =ψ）下报告的情节。

热椭球：
·各向异性乙因素可以显示为椭球，用椭球的轴和半径表示的原子均方位移矩阵的本征矢量和本征值。各向异性的B-因子是从输入坐标文件（例如，来自PDB文件ANISOU记录）读取，并且可以显示与刀具热椭球或命令各向异性。下图显示了椭球，以附上50robability的血红素和附近的原子从PDB进入1a6m的比例。

筛选停靠分子：
·程序DOCK计算可能的结合方向，给定的结构的“配体”和“受体”的分子。通常情况下，一个庞大的数据库搜索的小分子结构的化合物，可以结合受体。奇美拉的扩展发挥ViewDock的促进互动DOCK的输出选择有前途的化合物。可以被视为在分子的结合位点的情况下，以及任选地，筛选的氢键数的受体。该码头准备扩展准备的受体对接程序的输入，通过增氢，分配部分的费用，以及执行其他相关任务。

注解的UniProt：
·PDB /的UniProt信息检索蛋白质数据银行（PDB）的RCSB PDB提供的Web服务项目使用的序列和结构上的注释。序列会显示在浏览器Multalign，并映射到地区或彩色框序列的功能注释的UniProt。在该地区的浏览器

着色的保护：
·结构可以进行着色显示值的属性，如残留保护。打开序列比对奇美拉会自动显示在Multalign浏览器和它关联的任何类似的结构（允许一些残留物不匹配）。可以计算各种保护措施。创建图像的使用的的PFAM Carb_anhydrase种子对准PF00194_seed.slx的，包括一个彩色键和二维标签。

音量平面显示：
·体积数据可以显示一个单一的平面（板）卷浏览器的平面功能的时间。平面显示可以被设置为沿数据X，Y或Z轴，或可以交互指定的平面位置与一个滑块振荡。

旋光异构体：
·氨基酸侧链采取不同的构象状态，或旋光异构体。骨干的Dunbrack依赖库或理查森的“倒数第二”库的旋转异构体可以被视为评估，并纳入结构与旋光异构体的工具。 A残基可以改变到一个不同的构象的相同类型的氨基酸，或突变成不同的类型。在对话框中列出的旋转异构体的扭转角和图书馆的概率值，以及（可选）氢键，冲突，以及与电子密度数据。只有在列表中选择的旋转异构体的被显示。时，一个单一的旋转异构体被选中，它的结构可以被纳入。该图像包括二维标签。

用户驱动的分析：
·用户可以很容易地导入到嵌合体结构相关的数据属性或值与原子，残留物或模型的形式。可以导入的数据与定义属性，然后形式呈现的颜色范围，原子半径，或“虫”的厚度。这样的数据也可以以编程方式操作奇美拉，其实奇美拉在设计时考虑到的可扩展性和可编程性。它主要是用Python实现的，在C + +中的效率编码的某些功能。 Python是一种容易学习的解释型语言，面向对象的特性。所有的奇美拉的功能是通过Python访问，用户可以实现自己的算法和扩展没有任何奇美拉的代码发生变化，因此，任何自定义扩展将继续努力，整个奇美拉的版本。许多编程实例提供协助扩展的作家。

变形密度图：
变形从一个到其他相关密度图可以比较。几个中间地图生成通过内插之间的开始和结束的地图。变形可以交互式地观察和记录电影。等高线可以自动调整，以保持整个变形的封闭体积不变，可调节音量浏览器和地图显示等方面的。

着色密度：
·表面可着色的密度或等容量的数据。在图像中，表面被削波和上限，仅盖是由密度着色。可以应用于不同的着色方案。

叠加结构：
有几种方法可以在马中皇叠加结构：
·媒人执行一个合适的自动识别后的残留物应进行配对。的配对使用两个序列和二级结构，允许类似的结构，甚至当他们的序列相似性是低到检测不到的，被叠加。
·图显示了5个亲缘关系较远的蛋白质（两两序列同源