ProtoMol 3.3.0

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分子动力学模拟的框架

ProtoMol专门设计的分子动力学（MD）模拟是一个非常有用的面向对象，基于组件的框架。

该框架支持的CHARMM 19 28A2力的领域，是能够处理PDB，PSF，的XYZ和DCD轨迹文件。它是专为高度的灵活性，可扩展性和维护方便，和高性能的需求，包括并行化。

多时间步的神器出山:www.shenqi73.com技术是用来提高长期效率。埃瓦尔德，颗粒网状埃瓦尔德（PME），多重网格（MG）总和的静电力评价算法，如快速的使用，进一步提高了性能。可以使用无敌，朗之万莫莉和混合蒙地卡罗，鼻胡佛，和Langevin集成较长的时间步长。

下面是一些主要特点“ProtoMol”：

·面向对象基于组件的框架的分子动力学模拟
·高度的灵活性，可扩展性和维护方便，高性能的要求而设计
·增量相结合的顺序和并行环境的并行化
·支持一般的多的时间步整合计划
·通用的力量和潜力
快速静电力评价算法：
·Ewald加和，O（N3 / 2）
·颗粒网状埃瓦尔德，O（N日志N）
·多重网格方法，O（N）
·支持通用I / O格式（前置和后处理）
·106粒子系统

此版本中的新功能：

·添加了集成数字区分的麻五点中心差分法计算误差分析麻。更新普通模式对角化使用固定的几何自由度和数值小黑森州和S计算。
·更新protomol允许使用英特尔数学核心函数库
·在朗之万的衍生方法，通过随机值向量的确定顺序。
·修正了在64位系统允许使用Visual Studio编译
·最新报告，所以它是可以设置“debugstart从的”debugstart“（默认为0），然后打印调试输出'调试'更大的诊断粒度。
·新增数值Hessian的代码。 HessianInt有两个新的参数来选择固定的几何程度的自由和数值Hessian的计算。的代码已经在“非几何和数值模式的回归测试。增加了摇头丸作家。需要GROMACS 4.5 +库（GROMACS 1集GROMACS_HOME的），关键字“XTCfile'。
·增加了TPR读者...