Jalview 2.7

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Jalview 2.7

多序列比对编辑器，写在Java

Jalview被广泛用于各种网页，但可作为一个通用的比对编辑器。

Jalview被设计使用JAV aprogramming语言，并可以在多个平台上发挥作用。

下面是一些主要特点“Jalview”：

·查看
·多种格式的神器出山:www.shenqi73.com读取和写入的路线（FASTA，PFAM，无国界医生，用Clustal，BLC，PIR）
·在Jalview XML格式保存的路线和相关的树木。
·编辑
·间隙可插入/删除使用鼠标或键盘。
·集团编辑（插入删除空白组序列）。
·去除的跳空列。
·分析
·对齐序列，使用Web服务（用Clustal，肌肉...）
·保护氨基酸分析类似的AMAS。
·阵营的排序选项（组）的名，树的顺序，百分比身份。
·UPGMA和NJ树木的计算和绘制％的身份距离的基础上。
·采用主成分分析的顺序分析和聚类。
·去除冗余序列。
·史密斯沃特曼双序列比对序列的选择。
·标注
·使用基于Web的二级结构预测程序（JNET）。
·用户预定义或自定义配色方案的颜色的路线或团体。
·序列特征进行检索和显示的对齐。
·出版
·打印对准颜色和注释。
·创建HTML页。
·便携式网络图形图像（PNG）的输出对准。
·输出对准封装的PostScript文件（EPS）。

要求：

·的Java

此版本中的新功能：

新功能包括：
应用：
·Jalview桌面新闻阅读器
·调整了默认的Web服务菜单布局
·查看/调整关联菜单，使用户能够轻松地指定的对齐方式，多结构视图需要它的颜色/对应
·允许属性文件的位置被指定为URL
·扩展jalview项目，以保护之间的关联很多调整的意见和单Jmol的显示
·存储在jalview项目文件的注释行高
·注释行的列标签的格式存储在项目文件中的属性
·自动计算注释行注释行的顺序保存在jalview项目文件
·可视化进度指示时Jalview状态保存使用桌面窗口菜单
·视觉指示，命令行参数仍在处理中
·的Groovy脚本执行从URL
·颜色注释默认的最小值和最大值的颜色喜好
·自动关联PDB文件拖到一个比对的序列有很高的相似性和匹配ID
·更新JGoogleA ...