SpliceGrapher 0.1.0

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工具，可帮助您预测从各种证据拼接图形

SpliceGrapher是一个基于Python的应用程序，使利用基因模型，RNA-Seq数据和无害环境技术预测拼接图。

预测拼接图捕获一个基因的外显子进行组装的方式在一个单一的结构。

在一个拼接图中，一个基因的神器出山:www.shenqi73.com外显子被描绘为被描绘为在它们之间的边缘的顶点和内含子。紧凑的结构使研究人员能够可视化基因的AS模式更容易通过检查单独的成绩单。“SpliceGrapher”

下面是一些主要特点：

·拼接图预测
·剪接使用支持向量机预测
·拼接图形可视化

要求：

·的Python 2.6或更高版本。
· matplotlib的1.0.0或更高版本。
·PyML 0.7.7或更高版本。

此版本中的新功能：

·第一次重大发布恰逢与SpliceGrapher出版基因生物（http://genomebiology.com/2012/13/1/R4），。
·新增的功能萎缩内含子，所有地块包括拼接图，亚型，覆盖范围和剪接路口。
·增加了新的方法来确定特定亚型的拼接图，生成单独的图形。的方法
·'异构体'，'isoformDict'和'isoformGraph'在SpliceGraph.py的。
·删除了“AltB”的统计脚本，因为：（一）有没有达成共识的正确定义及（b）时，它会导致混乱的统计数据的变化之间的基因模型和预测。
·图PSL文件（EST的路线）从现在包括EST异构体的名称标识符。