PyPedal 2.0.3

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PyPedal 2.0.3

操纵你的家系此应用程序

PyPedal被设计成Python模块，应该是提供仪器的操作的家系。

提供的工具，还可以提供简单的可视化计算的遗传家系和家系的遗传多样性的措施。

下面是一些主要特点“PyPedal”：

·在用户定义的神器出山:www.shenqi73.com格式，阅读谱系档案
·检查血统的完整性（重复的ID，父母年龄比后代，等等。）
·生成的摘要信息，如出现频率的谱系档案
·重新排序和重新编号，系谱文件
·计算谱系文件的分子关系矩阵（A），从一个使用表格的方法
·大家系的近亲繁殖计算
·计算的平均总，平均个体的近亲繁殖系数和关系
·部分近亲繁殖系数的计算，使用迭代表格的方法（花边，1996年; Gulisija，2006年）
·计算祖先的近亲繁殖系数使用巴卢（1997年）或Suwanlee等人的方法。 （2007）
·计算理论和实际有效的人口规模
·有效的创始人数量计算精确算法拉齐
计算有效的始创者数量较少，用近似算法的Boichard等。
·有效的祖先使用的的算法Boichard等数计算。
·选择包含了所有的动物祖先的subpedigrees
·常见的两种动物的亲属鉴定
·计算从一个潜在的交配近亲繁殖的后代
·输出到ASCII文本文件，包括矩阵，近亲繁殖的关系系数和摘要信息
·进口和出口GEDCOM 5.5文件
·进口和出口的基因1.20文件（的dBase III）
载入谱系，并将其保存，MySQL和Postgres和SQLite数据库
·仿真的家系使用的算法，在Matvec 1.1A来自

要求：

·的Python 2.4或更高版本
· numpy的

此版本中的新功能：

·添加了一个新的系谱选项“，has_header”，它会自动处理的系谱文件的第一行，就好像是注释，而无需修改这个文件，添加一个注释字符。它的默认值是0。
·修改pyp_newclasses / NewPedigree ::预处理（）和pyp_newclasses / NewPedigree :: __init__（）来处理新has_header选项。
·轻微的文档更新，其中包括一个示例读取CSV文件，并需要在配置文件中设置sepchar时，括在双引号逗号更容易找到的警告。