MassChroQ 1.2

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质量色谱定量分析软件

MassChroQ是一个专业化，多功能的仪器，液相色谱 - 质谱法（LC-MS）技术获得的数据进行量化。

MassChroQ也可以被用来执行对齐，XIC提取和峰值检测。

此外，可以用来MassChroQ：
·高分辨率和低分辨率光谱仪系统获得的神器出山:www.shenqi73.com数据进行分析;
·分析无标签，以及同位素标记的数据（如SILAC，ICAT，N-15，C-13，等）;
·时间有效地处理大量的不同分析的样品在一杆（通过分组类似的样品，并提供了参数化分析各组的可能性）。
·考虑到帐户作为分馏之前，LC-MS分析（SCX，SDS-PAGE，等）的肽或蛋白质的复杂的数据处理;

下面是一些主要特点“MassChroQ”：

·解析的mzXML和LC / MS数据mzML格式。
·定量分析的样品和/或过充电（的m / z）的值和/或（m / z的保留时间）的值对一个给定的列表中一个给定的质量列表的所有的识别出的肽。
·鉴定的多肽，可自动整合到了MassChroQ使用X！的串联管道（执行识别和出口的结果masschroqML格式），或通过TSV（制表符分隔值）文件，其中包含从其他识别软件的识别结果的分析。
·两种定位方法是：集成第三方OBI-MS 1级数据的基础上经校准在MassChroQ，并在内部开发的MS2对准基于MS 2级信息。
·进行定量在MassChroQ的在XICs（提取离子色谱图）：XIC提取和滤波后，峰上检测到的通过使用形态转换（有关详细信息，请参阅用户手册）。然后计算峰面积（即量化值）和边界。
·峰值的匹配被执行（如有的话）后，对齐如下：当且仅当（对齐）内的峰值的边界位于该肽的保留时间为，检测到的峰被分配到可识别的肽。峰匹配在MassChroQ可以在两轮进行：在量化过程中的第一个和一旦量化结束时，用户可以执行的第二，改进的峰值匹配轮，同时考虑到先前匹配的峰的保留时间。
·各种的XIC过滤器是可移动的位数/均值滤波，平滑的信号，背景和基线噪声消除过滤器，抗穗型过滤器，以消除尖峰引起一些高分辨率光谱仪，形态滤波器等
·用户可以在TSV，gnumeric的，XHTML和masschroqML的的格式输出结果。他们已经准备好为自动化使用统计软件（比如R）或手动/视觉探索。
·评价MassChroQ复杂的标签获得的数据从低和高分辨率质谱仪允许低的CV测量技术可重复性（1.4and蛋白含量高的相关系数（0.98）