PDB2PQR 1.8

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PDB2PQR 1.8

pdb2txt

转换的PDF文件转换成PQR

PDB2PQR被设计成一个基于Python的应用程序，自动执行许多常见任务的准备连续静电计算的结构。

PDB2PQR是一个独立于平台的实用程序，用于将蛋白质PQR格式PDB格式的文件。

这些任务包括：
·添加缺失的神器出山:www.shenqi73.com重原子的数目有限的生物分子结构，
·确定侧链pKas，
·配售缺少的氢，
·优化的蛋白质有利的氢键，
·分配各种力场的电荷和半径参数。

下面是一些主要特点“PDB2PQR”：

·APBS在线的可视化的Web界面
·支持的pKa计算和生物分子结构完工

要求：

·的Python

此版本中的新功能：

新的特点：
·到3.0版本更新propka
·增加了残留物的相互作用能延长。
·补充蛋白质总结扩展。
·hbond和hbondwhatit新的命令行参数为一个的扩展（hbond）。 （没有更多黑客hbond.py）
·合并拉马，披到一个扩展（RAMA），PSI新的命令行参数。
·扩展，现在可以添加自己的命令行参数。扩展自己的命令行参数将单独分组。
·改进的界面扩展。
·添加，蛋白石配置文件。

BUG修正：
·清理白色空间在几个文件和一些PyDev中的警告。
·创建打印输出不再清除数据的原子链的ID数据。 （受影响resinter插件）
·一个插件，影响另一个的输出删除可能性。
·修正了 - 质子=新的选项propka30。
·改进的时间的报告APBS工作。
·固定蛋白石运行报告。
·修正拼写错误的命令行选项避免使用的PEOEPB和TYL06。
·固定埃罗...