小RNA工作台2.5.0 Beta版_sRNA Workbench 2.5.0 Beta

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小RNA工作台2.5.0 Beta版_sRNA Workbench 2.5.0 Beta

工具套件，用于分析小RNA数据从新一代测序设备

RNA沉默是复杂的，高度保守的转录和转录后机制，的曲调基因表达。

它最初是作为一种防御机制，植物对病原体的研究和，后来广泛研究，由于其调节能力与癌症相关的基因。

被称为小分子RNA（个小RNA）分子介导的神器出山:www.shenqi73.comRNA沉默。

小RNA工作台是一个易于使用的，小RNA的软件包，可以UEA的原始小RNA工具包开发的算法的基础上开发的。

该算法将执行一个完整的分析单个或多个样品的小RNA数据集从植物和动物基因数据中找出有趣的地标。

下面是一些主要特点“小RNA工作台”：

·适配器卸妆：删除适配器片段，从原料的短阅读序列数据和输出数据FASTA格式。
·过滤器：产生一个过滤后的版本控制的小RNA数据集，由多个用户定义的标准，包括序列的长度，丰富性，复杂性，转移和核糖体RNA去除。
·miRCat（miRNA的分级）：预测小RNA数据集和基因组从一个成熟的miRNA及其前体的。
·SiLoCo短干扰RNA轨迹比较：比较多个样本的小RNA的表达水平个小RNA进入位点基因组上的位置进行分组
·TA-siRNA的（反式短干扰RNA）：分阶段的ta-siRNA的植物小RNA数据集的预测。
·miRProf（miRNA的探查）：决定归在miRBase个小RNA匹配已知的miRNA的表达水平。
·发夹注释：使用RNAplot产生二级结构的RNA序列和重点地区的利益
·VISSR（可视化个小RNA）：产生一个个小RNA和用户导入的基因组功能的可视化表示。

要求：

·的Java