RDKit Q4 2012年12月1日_RDKit Q4 2012.12.1

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RDKit Q4 2012年12月1日_RDKit Q4 2012.12.1

化学信息学和机器学习软件

RDKit是一个软件套件，化学信息学，计算化学和预测建模。

现在，您可以利用这个方便的工具，以提高您的开发过程中使用Python编程语言已被写入。

下面是一些主要特点“RDKit”：

通用的神器出山:www.shenqi73.com分子功能：
·输入/输出：微笑，MDL MOL，SDF，TDT，RDKit二进制格式

“化学信息学”：
·搜索与SMARTS子结构
·规范SMILES
·手性支持
·简易的序列化（分子< - >文本为有效地存储在磁盘上或在数据库中）

·2D的描述（包括有限的描写和2D的三维结构的描述）
·2D - > 3D转换，通过距离几何
·UFF清理几何形状的实现
·指纹（日光，原子对，拓扑挠率，摩根/通知“MACCS键等）
·相似性/多样性采摘
·的分层子图/片段分析
·Gasteiger-Marsili收费的
·基于形状的相似性
·分子，分子的取向
·分子转换（SMARTS）
·化学反应
·分层RECAP分析
·金砖四国实现分段和重组分子。
·基于形状的分子排列（子形算法）

分子机器学习：

分子描述符库：
·拓扑（J，kappa3，巴拉班等）
·电性状态（房地产）
·CLOGP，MR（Wildman和克里平的方法）
·“教育部，如”VSA描述符
·原子对和拓扑挠率
·其他

学习：
·聚类
·决策树
·功能，但不是特别抛光实现呐？朴素贝叶斯和kNN
·套袋，随机森林

基础设施：
·数据分割
·洗牌
·外袋分类
·模型和描述计算器是可序列化

要求：

·的Python

此版本中的新功能：

错误修正：
·使用括号零级分组，现在在反应SMARTS。这允许分子内的反应来表示。
·微笑着的分子环的立体化学（如N [C @ H] 1CC [C @ H]（CC1）C（O）= O）是目前规范。
·SKP线在的CTAB财产块，现在妥善处理。
·分子的绘图代码显示虚线的任何债券。
·ROMol ::的debugMol（）（ROMol.DebugMol（）在Python）报告同位素信息。
·分子的绘图代码现在可以正确地强调楔形债券。
·的（RWMol :: addAtom）现在增加了原子的构象。
·TDT文件与原子坐标，这些坐标以正确的顺序。
·A环发现错误/崩溃已得到修复。
·假人原子现在有一个默认为0价，没有maximim价。
·Python代码不再抛出字符串异常。
·无效/未确认的原子符号CTABs不再被接受。
·Chem.RDKFingerprint现在接受原子不变量的值大于的原子数。
·代码现在应该...