PHIRE 1.0

噬菌体的基因组序列的块，显示序列相似性搜索。

PHIRE程序，在Visual Basic中一个独立的程序，执行基于字符串的搜索算法对噬菌体的基因组序列，发现和提取块显示对应序列相似性，这些基因组中包含有系统地以保守的调控元件，没有任何之前的实验或预测的知识。

PHIRE系统地比较所有的神器出山:www.shenqi73.comDNA子串到另一个指定的长度（L），允许有限数量的不匹配（退化D）进行梳理和提取最大的集（DominantNum）的子字符串，代表了独特的共识。

这种方式，将被分析的整个基因组上的沃森和克里克的DNA链，以及。为了形象化周围序列的共有序列，窗口的尺寸（W）可适于包括序列的左边和右边的每个选定的DNA个体字符串。

下面是一些主要特点“PHIRE”：

INPUT
·输入序列可以FASTA格式输入，或作为原始序列
·PHIRE automaticaly计数个碱基对;退化将省略从序列！

参数
·（S）的特林长度（L）：长度的子序列PHIRE算法将扫描。 （缺省为20个碱基序列）
·（D）egeneracy的：允许2个字符串之间的错配数（默认为4）
·DominantNum：MaxSets PHIRE号码后，会显示分析。该MAXSET含有保守的子序列为一组的序列和坐标
·（W）indow尺寸：允许显示的侧翼区（左和右）的输出分析后
·MAXSET：菜单，允许其他的序列集的显示

OUTPUT
·输出框显示选定的MAXSET
·完成的值等于N = G-L +1（G =基因组的长度L =字符串长度的子字符串比较）
·运行时间（分钟）：PHIRE分析已经运行
剩余时间（以分钟计）：估计剩余时间的分析
·启动：启动分析
·SAVEFILE：保存整个的输出（MaxSets），在文本格式。