SWeBLAST 1.0

把一个查询序列，序列

SWeBLAST（滑动窗口的基于Web的BLAST）是一个命令行程序，用Perl编写的，用于在Windows，Linux和Mac。的主要成分SWeBLAST.pl，将划分成一系列的选择的长度和重叠的子序列，一个查询序列，或序列，在FASTA格式提供，并发送这些依次GenBank中的神器出山:www.shenqi73.comBLAST设施。

搜索结果整理成单个文件，BLAST.TXT，在一个子文件夹。这是由第二成分，SWeBLAST_parser.pl，和放入的子文件夹的结果，作为一系列的CSV文件要检查使用一个标准的电子表格程序，如EXCEL分析。

要查看可用的参数或选项，你可以运行的程序，使用该选项帮助

perl的SWeBLAST.pl帮助

-help或-h：显示此消息。
输入或-i：输入（数据）文件。
输出或-o：输出文件夹（可选）。
窗口或-w：窗口长度默认为100（可选）。
步或-s：步长 - 默认50（可选）。
数据库或-d：GenBank数据库中进行搜索 - 默认NR（可选）。
程序或-p：计划要使用BLASTN，BLASTP，BLASTX - 默认情况下，同源性（可选）。
预期或-e：期待（可选）。
Entrez的或问：Entrez的查询（可选）布尔的命令限制BLAST搜索
（例如，“病毒不马铃薯Y病毒[ALL]”）。
解析或-r：，打电话SWeBLAST_parser.pl（可选）。
截止或-c具有更大的E-value（可选）：丢弃命中。
不带参数运行的程序或使用交互式菜单，按照提示：
perl的SWeBLAST.pl