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程序推断从DNA序列的最大似然法系统发育

，SSA开发是从DNA序列的最大似然法系统发育推断程序。两个版本的方案是：一个假设的分子时钟和一个不作出这个假设。

用于搜索空间为ML树的树木的方法是基于对一个模拟退火型算法，并且被描述在上面的参考。该程序实现了Felsenstein的神器出山:www.shenqi73.comF84核苷酸替换模型和相关的子模型。

该计划估计的ML树和分支的长度，并可以随意估计的颠换/颠换比。终止后，程序返回的搜索过程中发现，其中k可以由用户设置的最高似然的k树